インボイス制度のメリット・デメリットとは？導入理由と併せて解説

監修者：税理士法人アンサーズ会計事務所

2024/01/19更新

2023年10月からスタートしたインボイス制度の目的をご存じでしょうか。導入の理由と、事業者にとっての導入メリットを知ることで、前向きにインボイス（適格請求書）への対応を進めやすくなるでしょう。

ここでは、インボイス制度のメリット・デメリットのほか、デメリットを回避するために設けられた経過措置などについて解説します。インボイス制度への対応方法を検討する際の参考にしてください。

インボイス制度とは商取引における請求書等の作成と保存の決まりのこと

インボイス制度とは、商取引における請求書等の作成と保存に関する決まりのことで、2023年10月1日にスタートしました。

インボイス制度では、売り手は買い手に対して、取引にかかる消費税率や消費税額を規定に沿って記載した適格請求書を発行しなければいけません。また、買い手は受け取った適格請求書を保存することで、仕入税額控除を受けることが可能です。適格請求書以外の請求書による支払いは、原則として仕入税額控除が受けられません。

ただし、適格請求書の発行義務を負うのは、適格請求書（インボイス）発行事業者のみです。それ以外の事業者は、適格請求書の発行義務がなく、発行することもできません。

• 【2023年10月開始】インボイス制度とは？意味や要件、対象、対応をわかりやすく簡単に図解で解説

インボイス制度が導入された理由

インボイス制度が導入された理由は、取引にかかる消費税率を明確にするためです。

2019年10月1日に消費税が10%に引き上げられ、同時に食品などに対して軽減税率が導入されました。消費税率が一律ではなくなったことから、消費税の請求額や納税額に関するミスや不正を防止するために、より正確な請求書等の作成が求められています。

そこで、一定の要件を満たす事業者のみが発行できる適格請求書と、適格請求書にもとづく税額計算が義務付けられることになったのです。

インボイス制度のメリット

インボイス制度には、事業者にとってはメリットとデメリットの両方があります。まずは、インボイス制度の導入によって得られるメリットについてご紹介します。

消費税額の計算が正しくできる

売り手として適格請求書を発行し、買い手として適格請求書を受け取ることで、消費税額をより正確に計算しやすくなります。

適格請求書には、消費税率ごとの消費税額や、商品ごとの消費税率などが明記されます。そのため、これまでよりも正確に税額計算を行えるのは大きなメリットであり、インボイス制度が導入される目的です。消費税額を正確に把握・計算することは、正しい申告と納税につながるでしょう。

インボイス制度導入後も取引の継続・新規開拓がしやすくなる

インボイス制度に対応することで、取引先の課税事業者が仕入税額控除を利用できます。インボイス制度に対応しない状態で商品を販売すると、購入した相手は消費税を仕入税額控除できません。これは、課税事業者にとって大きなマイナスです。インボイス制度に対応することで、今後も同じ条件で継続取引を行ったり、新規開拓をしやすくなったりする可能性があるといえます。

ただし、商品の買い手が免税事業者や個人の場合、大きな影響はありません。

電子インボイス導入によるコスト削減と業務効率化が図れる

電子インボイスとは、電子データとして交付される適格請求書等です。電子データの形式に決まりはありませんが、標準仕様として「Peppol（ペポル）」という規格が採用されています。Peppolは海外でも利用されている規格なので、海外とスムースに取引をしやすくなることはメリットです。

また、請求書を電子的に発行することで、紙に請求書を印刷・郵送する手間やコストを削減できます。請求書を受け取る側も、紙に印刷されたデータを入力し直す手間がなくなり、自動取り込みも楽に。請求書や請求書の控えの保管も電子的に行えるので、保管スペースの確保やファイリング業務も不要になります。

インボイス制度のデメリット

インボイス制度には一定のメリットがある反面、デメリットがあるともいわれています。インボイス制度の抱える課題を4点ご紹介します。

事業者によっては納税負担が増える

現状、消費税の納付が免除されている事業者は、インボイス制度に対応しようとすると納税額が増えることになります。

適格請求書を発行できる適格請求書発行事業者になれるのは、消費税の課税事業者のみです。消費税の納付が免除されている免税事業者が適格請求書の発行を希望する場合、課税事業者への切り替えを行わなければいけません。

しかし、課税事業者になると、これまで免除されていた消費税の納税義務が課せられ、税金を多く納めなければならなくなるでしょう。

仕入税額控除の金額が減少する可能性がある

免税事業者との取引がある課税事業者は、インボイス制度の導入によって仕入税額控除の金額が減少し、結果として消費税の納税額が増える可能性があります。

仕入税額控除とは、課税売上高にかかる消費税から、課税仕入れの消費税額を差し引くことです。これまでは、免税事業者からの仕入れであっても仕入税額控除の対象にすることができました。しかし、インボイス制度が導入された後は、原則として適格請求書の交付を受けて、かつ保存することが税額控除の条件になります。そのため、適格請求書を発行できない事業者から仕入れをした場合、支払った消費税額を仕入税額控除の対象にすることができません。

ただし、仕入税額控除には6年間の経過措置が設けられています。詳しくは後述します。

免税事業者は取引の継続が難しくなるおそれがある

適格請求書を交付することができない免税事業者は、課税事業者との取引において敬遠されるおそれがあります。適格請求書を交付できない相手との取引は仕入税額控除の対象にできないため、課税事業者にとってデメリットがあるからです。

免税事業者が従来どおりに取引を継続するためには、「仕入税額控除の対象にならない分、値引きを行う」「課税事業者になって適格請求書の発行を行う」といった対応が求められます。

経理業務負担が増える

これまで免税事業者だった事業者が適格請求書発行事業者になった場合、消費税の申告と納税を行わなければいけなくなります。その分、経理業務が複雑になり、負担が大きくなることもデメリットです。

課税事業者にとっても、適格請求書とそれ以外の請求書を区別して処理したり、適格請求書に対応した業務フローを策定したりといった負担が生じます。

また、売上にかかる消費税について、従来は積上げ計算が認められていませんでしたが、インボイス制度開始後は適格請求書の写しを保存することを条件に、積上げ計算が認められています。積上げ計算を選択する場合は、税額の計算方法についても変える必要が出てくるでしょう。

インボイス制度には経過措置や特例などが設けられている

事業者に多くの影響を及ぼすインボイス制度ですが、導入にあたっては、複数の経過措置や特例が用意されています。ここでは、それらさまざまな制度の内容について見ていきましょう。

仕入税額控除に関する経過措置

インボイス制度開始後は、適格請求書を受領、保存していることが仕入税額控除の条件になります。ただし、インボイス制度開始から6年間は、適格請求書を発行できない免税事業者からの仕入れについても、下記の仕入税額控除が認められています。

仕入税額控除の経過措置についてはこちらの記事で解説していますので、参考にしてください。

インボイス制度の仕入税額控除の経過措置とは？期間や適用要件を解説

2割特例

2割特例は、免税事業者が、適格請求書発行事業者になるために課税事業者を選択した場合に利用できる制度です。条件に該当する事業者は、消費税について、売上税額の2割を納税額とすることができます。

上記の事業者の場合、本来の計算では「50万円－10万円＝40万円」が納税額です。しかし、2割特例を利用すれば「50万円×2割＝10万円」の納付とすることができます。納税額を減らせるうえに、申告税額の計算などの事務負担も軽減することが可能です。

特例を利用できるのは、2023年10月1日から2026年9月30日まで。個人事業主であれば2023年分（10月から12月分）の申告から2026年分の申告までの計4回の申告で適用できます。事前の届出は必要ありません。

一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置

一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置（少額特例）とは、税込1万円未満の課税仕入れについて、要件を満たす帳簿の記帳と保存のみで税額控除を認める特例です。対象者と適用期間は下記のとおりです。

少額取引の際の適格返還請求書の交付免除

インボイス制度の導入後は、適格請求書発行事業者が買い手に取引金額の返還を行った場合、適格返還請求書を発行しなければいけなくなります。適格返還請求書の発行が必要となる取引金額の返還例は下記のとおりです。

ただし、支払額が税込1万円未満であれば、適格返還請求書の交付が免除されます。この制度は、すべての事業主が期間の定めなく利用できます。

適格返還請求書についてはこちらの記事で解説していますので、参考にしてください。

適格返還請求書（返還インボイス）とは？交付のタイミングと注意点

インボイス制度に対応するための準備とは

すでに開始しているインボイス制度に速やかに対応するには、どのようなことが必要なのでしょうか？確認すべきポイントをご紹介します。

適格請求書発行事業者として登録する

免税事業者はもちろん、課税事業者も、適格請求書発行事業者としての登録を行わないと適格請求書を発行することができません。適格請求書発行事業者の登録申請書を納税地のインボイス登録センターに郵送すると、登録番号が書かれた通知が届きます。登録までにはある程度時間がかかるため、早めの手続きがおすすめです。

インボイス制度の登録申請についてはこちらの記事で解説していますので、参考にしてください。

インボイス制度の登録申請の方法は？期限や手順と併せて解説

適格請求書交付に対応したシステムの導入

適格請求書には、記載しなければならない項目が決まっています。適格請求書として認められるフォーマットで請求書を発行できるように、対応したシステムを導入しておきましょう。

• ※国税庁「適格請求書等保存方式の概要」

同時に、仕入税額控除への対応も必要です。適格請求書発行事業者以外の事業者からの仕入れは、原則として税額控除の対象になりません（経過措置あり）。適格請求書発行事業者からの仕入れと、それ以外の事業者からの仕入れを分けて処理できるシステムを導入するか、処理方法を検討しておく必要があります。

経理業務のフローの見直し

インボイス制度に対応するためには、経理業務のフローにも変更が生じます。受け取った適格請求書の処理方法や保存方法、適格請求書とそれ以外の請求書の扱い、電子インボイスのためのシステム導入など、詳細を見直すことをおすすめします。

自社の業務内容を踏まえ、経理担当者の意見を取り入れてフローを見直し、すべての担当者が同じ対応をとれるように情報を周知しておかなければいけません。

インボイス制度のメリットとデメリットを踏まえて速やかに対応を進めよう

インボイス制度のメリットとデメリットを知り、自社に適した対策をとって、速やかにインボイス制度への対応を進めましょう。経過措置やデメリットを軽減するための特例なども用意されているため、正しい知識を身に付けることが大切です。

併せて、適格請求書の発行ができる「Misoca」や、インボイス制度に対応した会計処理が可能な「弥生会計」「やよいの青色申告 オンライン」といったシステムの活用もご検討ください。インボイス制度に適したシステムを導入することで、スムースかつ正確な業務処理が可能になります。

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この記事の監修税理士法人アンサーズ会計事務所

吉祥寺にオフィスを構えて10年以上の実績と、40名以上のスタッフのマンパワーで、個人事業主から従業員100名を超える会社まで、幅広く対応中。司法書士、社会保険労務士など他士業との連携で法人のお悩み事にワンストップで対応可能。