病院はインボイス制度に対応する必要がある？業務ごとの影響を解説

2024/01/16更新

「病院はインボイス制度に対応する必要があるのだろうか？」このような疑問を持つ医療機関は多のではないでしょうか。2023年（令和5年）10月1日に開始されたインボイス制度は、課税売上高1,000万円以下の免税事業者への影響が大きい制度です。病院の場合、保険診療は消費税の非課税取引であるため、比較的インボイス制度への影響は少ないでしょう。ただし、インボイスの記載要件や注意点を把握しておかないと、企業（買手側）との取引で不都合が生じるかもしれません。

ここではインボイス制度の概要を説明しつつ、病院への影響や請求書・領収書の記載方法について解説します。

インボイス制度とは？

インボイス（適格請求書、以下インボイスで統一）とは、一定の記載要件を満たした請求書や領収書などを指します。現行の区分記載請求書等保存方式に基づく請求書や領収書に追記が必要な情報は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の登録番号
• 税率ごとに区分した合計額および適用税率（税抜もしくは税込）
• 税率ごとに合計した消費税額等

インボイス制度導入の目的は、事業者が行う取引における消費税率と消費税額を正しく計算することです。商品やサービスを提供する事業者（売手側）は、インボイス制度のしくみや影響についてよく理解したうえで、どのように対応するか検討しなければなりません。

インボイス制度の基本的なしくみについて、こちらの記事で解説しています。

インボイス制度とは？対象者や目的、対応方法をわかりやすく簡単に図解で解説

インボイス制度は2023年（令和5年）10月1日から導入されました。2023年11月時点において登録完了の通知を受け取れるまでにかかる期間の目安は、以下のとおりです。

• e-Taxによる提出：約1か月
• 書面による提出：約1か月

• ※国税庁「適格請求書発行事業者の登録件数及び登録通知時期の目安について」

インボイス制度の開始にあわせて知っておきたい消費税の知識について、こちらの記事で解説しています。

個人事業主の消費税、いつから払う？納税義務と免除要件、税額の計算方法

免税事業者と課税事業者の違い

免税事業者と課税事業者には、以下のような違いがあります。

基準期間・特定期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者は「免税事業者」です。一方、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える事業者は「課税事業者」となります。課税事業者は消費税の確定申告と納税が必要となるため、金銭的なコストや事務作業の負担が増加します。

病院はインボイスへの対応が必要になるか？

適格請求書発行事業者への登録は任意です。したがって、インボイス制度の影響を考慮して、適格請求書発行事業者への登録をするか判断する必要があります。

保険診療は非課税取引に該当しますが、課税事業者である病院は、インボイス制度の登録による消費税の納付税額の増加はありません。一方で、免税事業者の病院はインボイスの発行が必要か確認したうえで、適格請求書発行事業者への登録を判断する必要があります。

インボイス制度が病院へ与える影響を業務別に解説

インボイス制度が病院へ与える影響について、以下の業務別に解説します。

• 患者への診療行為に支払われる診療報酬はインボイス制度の影響を受けない
• 病院の自費診療は消費税の課税取引であるがインボイス制度の影響を受けない
• 企業（買手側）への健康診断・予防接種を行う病院はインボイス制度の対応を考慮する必要がある

保険診療は消費税の非課税取引に該当するため、インボイスの交付を必要としません。ただし、一部の業務は消費税の課税取引に該当するため、本章を参考にインボイス制度への対応を検討してみてください。

患者への診療行為に支払われる診療報酬はインボイス制度の影響を受けない

患者への診療行為で受け取る診療報酬は、消費税の非課税取引に該当するため、インボイス制度の影響は受けません。病院の収益が診療報酬のみの場合は、免税事業者のままでいるか検討をしてみてください。

病院の自費診療は消費税の課税取引であるがインボイス制度の影響を受けない

自費診療は消費税の課税取引ですが、患者（買手側）が事業者でない限りインボイスの発行を求められません。主に以下の自費診療が含まれます。

• AGA治療
• ED治療
• 美容整形
• 視力矯正手術

自費診療はインボイス制度の影響を受けない業務に該当するため、インボイスを交付する必要はありません。既に課税事業者である病院は、適格請求書発行事業者への登録有無に関わらず消費税の納税義務が発生するので、インボイス制度の対応を検討してみてください。

企業（買手側）への健康診断・予防接種を行う病院はインボイス制度の対応を考慮する必要がある

企業（買手側）へ向けて健康診断・予防接種を行う場合、消費税の課税取引であるため、インボイス制度の登録を検討する必要があります。企業（買手側）はインボイスを受け取れないと、消費税の仕入税額控除が認められないので、納付税額が増えるからです。

企業（買手側）向けの健康診断・予防接種を実施している免税事業者の病院は、買手側と価格を協議してみてください。インボイス制度が開始される前と同じ金額で受注できるなら、適格請求書発行事業者へ登録する必要性は低くなります。一方で、一般消費者向けに健康診断・予防接種を行う場合、インボイスの発行は求められないので、インボイス制度の影響は受けません。

インボイス制度の対応で病院が注意すべきポイント

インボイス制度の対応で病院が注意すべきポイントは、以下のとおりです。

• 免税事業者がインボイス制度に対応すると消費税の納税義務が発生する
• インボイス制度に対応しないと企業（買手側）の依頼は減る可能性がある
• 経理業務の手間が増える

順番に見ていきましょう。

インボイス制度が法人に与える影響や対処法は、こちらの記事で詳しく解説しています。

インボイス制度が法人（中小企業）に与える影響は？必要な対応を解説

免税事業者がインボイス制度に対応すると消費税の納税義務が発生する

インボイス制度に対応するため、免税事業者から課税事業者へ変更すると、消費税を納める必要が出てきます。消費税の納税によって、今までより収益は減少する可能性があります。ただし、保険診療が収益の中心である病院は、消費税の課税取引の割合が少ないため、納付税額は大きくありません。

また、インボイス制度の開始を理由に課税事業者へ変更した病院は、2割特例による控除の対象です。具体的には、売上にかかる消費税額から、売上税額の8割を差し引いて納付税額を計算するため、税負担を抑えられるでしょう。2割特例の適用期間は、2023年（令和5年）10月1日〜2026年（令和8年）9月30日までです。2割特例の利用も考慮して、免税事業者はインボイス制度に対応するか検討しましょう。

インボイス制度に対応しないと企業（買手側）の依頼は減る可能性がある

企業（買手側）が社員向けに実施する予防接種や健康診断では、買手側が経費計上するためにインボイスの発行を求められる可能性があります。病院（売手側）がインボイス制度に対応していないと、企業（買手側）が支払った費用は消費税の仕入税額控除として認められないからです。インボイスを交付できる病院へ顧客が流れる恐れがあります。

経理業務の手間が増える

インボイスに対応すると帳簿の作成方法が変更になるため、事務手続きが今までより煩雑になることが予想されます。課税事業者である病院は、仕入れ先（売手側）から受け取った請求書がインボイスに対応しているか、1枚ずつ確認しなければいけません。インボイスの記載要件を満たしていないと、消費税の仕入税額控除が認められないので、売手側に請求書の修正を依頼する手間が増えます。また、領収書やレシートの書式が変更になるため、会計ソフトやレジシステムの入れ替えを検討しなければいけません。

インボイス制度対応後に病院が発行する請求書・領収書の扱いについて

インボイス制度に登録すると、記載要件を満たした請求書・領収書の発行が必須です。

インボイスの記載要項に則った請求書の作成が必要になる

インボイスの様式は法令で決められていないため、請求書・領収書・レシートなどは、どのフォーマットを利用しても問題ありません。ただし、以下の記載項目を満たしている必要があります。

• 発行事業者の氏名または名称および登録番号
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象品目である旨）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）および適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額等
• 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称

病院が発行するインボイスには、自費診療や健康診断に対して軽減税率は適用されないため、原則10％の対象品目を記載します。

適格請求書の記載方法については、こちらの記事で解説しています。

適格請求書の書き方は？記載事項や消費税の計算方法を記入例と併せて解説

不特定多数の患者へ領収書を発行するなら簡易インボイスの発行が認められる

病院の業務は、不特定多数の人へ領収書を発行するケースが含まれているため、記載事項の一部を省略できる簡易インボイスの交付が認められます。簡易インボイスの記載項目は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の氏名または名称および登録番号
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象品目である旨）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）
• 税率ごとに区分した消費税額等または適用税率

通常のインボイスと比べると「書類の交付を受ける事業者の氏名または名称」を省略できます。

交付した請求書・領収書の控えは7年間保管の義務がある

インボイス制度開始後にインボイスを発行した場合、交付した日の属する課税期間の末日から2か月を経過した7年間は、その控えを保存しなければいけません。また法人税法や所得税法により、受け取ったインボイスに関しても、受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間の保存が必要です。

病院がインボイス制度へ対応する際によくある質問

企業へ産業医として医師を派遣した場合はインボイス制度の対象になる？

産業医を派遣して企業（買手側）から委託料を受け取った場合、報酬は消費税の課税対象です。病院がインボイスを交付できないと、買手側は消費税の仕入税額控除が認められず、納付税額は増える見込みです。ただし、企業（買手側）から産業医個人が給与を受け取った場合、消費税の不課税取引に該当するためインボイス制度の影響を受けません。

インボイス制度の対象外になる診療行為はある？

保険診療は消費税の非課税取引であるため、インボイス制度の影響を受けません。他にも、自費診療は消費税の課税取引になりますが、買手側が事業者ではないのでインボイスの交付は求められないでしょう。

病院の文書料はインボイス制度の影響を受ける？

他医療機関へ向けて発行する紹介状は保険適応されるため、インボイス制度の影響を受けません。保険会社から診断書を依頼されて発行する場合、保険適応ができず自費請求の扱いになります。消費税の課税取引になりますが、買手側が事業者ではないので、インボイスの発行は求められません。

インボイス制度が病院に与える影響を理解して対応しよう

病院の保険診療は消費税の非課税取引であるため、インボイス制度の影響を受けませんが、企業（買手側）への健康診断や予防接種は対応を検討する必要があります。免税事業者がインボイス制度に登録するため、課税事業者へ変更すると消費税の納税義務が発生するので、納税分の税負担増加が予想されます。

またインボイス制度に対応すると帳簿・請求書・会計システムなどの変更が必要になります。免税事業者の病院は、業務上の課税取引の有無で適格請求書発行事業者になるか判断しましょう。

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