健康診断の勘定科目と注意点【経費にできない場合も】

執筆者： aya

2021/03/31更新

健康診断の費用の勘定科目は、福利厚生費が原則です。

法人・個人事業主問わず、従業員には年に1度の健康診断を受けさせることが法律で義務付けられています。ただし、個人事業主は本人や青色事業専従者の家族の健康診断の費用を経費にすることはできません。

筆者は上場企業で一般会計を担当していた経験があり、実際に福利厚生費の伝票を承認していました。健康診断の費用を経理上どのように考えるかを基本からわかりやすい言葉で説明します。

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健康診断の勘定科目は「福利厚生費」 ただし条件あり

健康診断の勘定科目は原則「福利厚生費」です。従業員に健康診断を受けさせるのは会社の義務として法律で決められています。

ただし、役員の健康診断の費用のみ会社が負担する、といった場合は給与として扱われて所得税の対象になります。

この章では、法人の場合の健康診断の勘定科目の考え方の基本を解説します。

(個人事業主の場合は記事の後半で解説します。)

健康診断の勘定科目と仕訳

健康診断の勘定科目は「福利厚生費」です。仕訳の例は次の通り。

健康診断の費用の仕訳例

従業員の健康診断の費用30万円を支払った。

借方に費用の勘定科目「福利厚生費」が発生し、貸方には現金などが入ります。仕訳自体は簡単です。ただし、健康診断の費用を経費にするには条件があります。

健康診断の費用の考え方について解説していきます。

健康診断を受けさせるのは会社の義務【社長の健康診断も経費】

従業員に1年に1度の健康診断を受けさせることは、会社の義務として法律で決まっています。

健康診断には一般の従業員が受ける「一般健康診断」と、高気圧業務や放射線業務など、法律で定められた業務に携わる従業員が受ける「特殊健康診断」があります。

「一般健康診断」を、一般的に「健康診断」と呼んでおり、項目が詳しく定められています。詳細は厚生労働省が交付しているリーフレットで確認してください。

健康診断の対象になるのは以下を満たす人です。

したがって、健康診断は正社員だけではなく契約社員やパート・アルバイトで条件を満たした人、役員・社長も含まれます。

健康診断の費用は、会社が払わなくてはならないと決められてはいませんが、多くの企業で会社が負担しています。

では、費用を会社負担にする場合、どのように経理処理をするのかを条件ごとに見ていきましょう。

健康診断の費用が経費ではなく給与になる場合

健康診断の費用を「福利厚生費」として経費にするには以下を満たす必要があります。

したがって、次のような場合には健康診断の費用は福利厚生費としてではなく給与や役員報酬として扱われ、所得税が課税されることになります。

人間ドックが必ずしも給与扱いされるわけではありません。例えば、従業員の希望者全員が受けられる、常識の範囲内の人間ドックの費用であれば福利厚生費として処理が可能です。

国税庁「人間ドックの費用負担」には、人間ドックの費用を会社が負担する際の注意点について、以下のように明記されています。

福利厚生費とする条件として、従業員全員が対象であることが原則ですが、一定の年齢以上などの制限を設けることは認められています。

また、従業員の給与扱いであれば損金算入が可能ですが、役員報酬の扱いになる場合は損金不算入となります。注意しましょう。

健康診断の消費税の扱い

福利厚生費にあたる健康診断の費用は、課税仕入れとなり消費税がかかります。医療法人からの課税仕入れとして扱います。

一方、給与として扱われる健康診断の費用は、給与と同じく不課税です。

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個人事業主の健康診断の勘定科目は？

個人事業主の健康診断の費用は、原則として経費にできません。この章では個人事業主の健康診断の費用について詳しく解説します。

個人事業主本人の健康診断は経費にできない

個人事業主自身の健康診断の費用は、残念ながら経費にできません。通常のように病院にかかり医療費を支払ったときと同じく、個人的な支出としてみなされます。

個人事業主は法人と異なり、健康診断が義務付けられているわけではありません。あくまでも、個人事業主自身のための健康診断なので経費にはできないのです。また、青色事業専従者の家族の健康診断の費用も経費にはできません。

一方、個人事業主が従業員を雇用している場合には、法人とおなじように従業員に健康診断を受けさせる義務があり、従業員の分の健康診断の費用を経費にできます。

健康診断の勘定科目と仕訳【個人事業主の場合】

個人事業主が従業員の健康診断の費用を払ったときの勘定科目は「福利厚生費」です。仕訳は法人と同じく、次のようになります。

個人事業主が従業員の健康診断の費用を払ったときの仕訳

従業員の健康診断の費用5万円を支払った。

なお、個人事業主が自分の健康診断の費用を事業用の口座から出した場合、経費にはできないので、以下の仕訳になります。

個人事業主が自身の健康診断の費用を事業用の口座から払ったときの仕訳

個人事業主が自分の健康診断の費用1万円を事業用の口座から支払った。

この仕訳は、「事業主貸」という勘定科目を使って、事業のお金をプライベートで支出したことを表しています。

個人事業主は「医療費控除」「セルフメディケーション税制」を使おう

個人事業主は医療費を経費にすることはできませんが、条件を満たせば「医療費控除」や「セルフメディケーション税制」を使って所得税や住民税を節税することができます。

医療費控除とは

健康診断で万が一、病気が見つかり治療が必要になったときには健康診断の費用も医療費控除の対象になります。

医療費控除の詳しい内容については国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」を参照してください。

セルフメディケーション税制とは

健康維持の取り組みをしている人が、ドラッグストアなどで購入した指定医薬品（スイッチOTC医薬品）の12,000円を超える部分を所得控除できます。（上限88,000円）

個人事業主は健康診断や予防接種の費用を経費にはできませんが、健康診断や予防接種は、セルフメディケーション税制を適用する場合に必要な「疾病予防の取り組み」要件の一つです。取り組みを行ったことの証明として健康診断や予防接種の領収書などの添付又は提示が必要なので、領収書などはとっておき、節税の手段として検討してみてください。

詳しくは以下のサイトを確認してください。

厚生労働省

「セルフメディケーション税制（特定の医薬品購入額の所得控除制度）について 」
「セルフメディケーション税制に関する Q&A」

インフルエンザの予防接種は経費になる？

法人と個人事業主とに分けて解説します。

法人：インフルエンザの予防接種代は「福利厚生費」

健康診断の費用を「福利厚生費」として経費にするときと同じく、従業員の希望者全員がインフルエンザの予防接種を受けられるのであれば、福利厚生費として経費にできます。

福利厚生費として一般的に認められる費用は、以下を満たすものです。

国税庁「所得税基本通達36-29」参照

従業員がインフルエンザにかかってしまうと業務に支障が出ますし、予防接種の代金は2,000円～5,000円程度で高額ではありません。

したがって、インフルエンザの予防接種代は福利厚生費として経費にできます。

一方、インフルエンザの予防接種代を役員の分のみ会社が負担するなど対象者を限るのであれば、給与として課税の対象となります。

個人事業主：インフルエンザの予防接種代は経費にできない

個人事業主自身のインフルエンザ予防接種の費用は、経費にできません。健康診断の費用を経費にできないのと同じ理由です。

ただし、個人事業主が従業員を雇用していて、インフルエンザの予防接種を希望者全員に受けさせるのであれば、福利厚生費として経費にできます。

なお、インフルエンザの予防接種代は医療費控除の対象外です。インフルエンザの予防接種は治療ではなく「予防」だからです。

一方で、インフルエンザ予防接種はセルフメディケーション税制の「疾病予防の取り組み」の対象になります。

経費にはできませんが、セルフメディケーション税制を利用する可能性がある場合は領収書などは保管しておくと良いでしょう。

健康診断の勘定科目｜まとめ

健康診断の勘定科目は福利厚生費。

福利厚生費は給与との線引きが難しい勘定科目であり、税務調査でもしばしば指摘事項になります。

法人は「業務に必要」「全従業員が対象」「金額が高すぎない」の3つを満たしていれば、健康診断の費用とインフルエンザの予防接種の費用を経費にして問題ないでしょう。

一方、個人事業主本人は健康診断の費用・インフルエンザの予防接種の費用どちらも経費にできないので注意してください。

個人事業主は、医療費控除やセルフメディケーション税制を利用して節税することを検討すると良いでしょう。

photo：Getty Images

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この記事の執筆者aya

一橋大学卒業後、一部上場メーカーで経理・財務を担当後、専業のWebライターに。一般会計、固定資産、税務、資金繰り、連結決算など幅広く経験あり。記事執筆のご依頼などはこちら（外部サイト）から受け付けています。