年末調整とは？確定申告との違いや受けられる控除、手続きなどを解説

監修者：税理士法人古田土会計 社会保険労務士法人エムケー人事コンサルティング

2024/09/04更新

年末調整の時期には、書類の回収や作成、税金の計算など、煩雑な作業が数多く発生します。年末調整は役員や従業員の給与や賞与に対しての所得税額を確定する重要な作業なので、ミスのないように進めなければなりません。また、年末調整はタイトなスケジュールで行う場合が多いため、手続きの流れを把握して計画的に行うことが重要です。
しかし、年末調整の業務は年に1回のため、具体的な業務の内容について悩む人もいるかもしれません。直前になってあわてないように、年末調整の目的や手続きの流れを確認しておきましょう。
本記事では、年末調整の対象者や確定申告との違い、年末調整で適用できる控除などの他、実際に行う作業の流れについても解説します。

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年末調整とは所得税の過不足を調整する手続き

年末調整とは、給与所得者の所得税額を確定させ、納税額の過不足を調整するために、企業が年末に行う手続きのことです。

企業の役員や従業員の所得税は、給与や賞与から源泉徴収（天引き）され、本人に代わって勤務先の会社などが国に納めるしくみになっています。ただし、給与や賞与から源泉徴収される所得税はあくまで概算であって、1年分の所得税を確定させるために、年末においてその精算作業を行うことが必要です。

そこで企業は、1月1日から12月31日までの1年間の給与が確定した時点で、年間の給与支給額や適用される控除を基に、正しい所得税額を計算します。そして、それまで源泉徴収された所得税額との差額を調整し、納めすぎていれば従業員に還付し、不足していれば追加徴収します。

この一連の手続きが年末調整です。多くの給与所得者は、年末調整によって、その年の納税が完了します。

年末調整の対象となる人

年末調整の対象になるのは、原則として、12月31日時点で在籍している役員や従業員です。正社員や契約社員、パート、アルバイトといった雇用形態は問いません。1年を通じて勤務している人はもちろん、年の途中に入社した人も、12月31日まで在籍していれば対象となります。ただし、年末調整を行うには、対象の従業員が「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出していることが前提です。

なお、通常は12月に年末調整を行いますが、次のいずれかに該当する人は年の途中に年末調整を行う必要があります。

年末調整の対象にならない人

12月31日時点で在籍している役員・従業員であっても、一部、年末調整の対象にならない人がいます。以下のいずれかに該当する人は、年末調整を行いません。

年末調整と確定申告の違い

年末調整と確定申告は、どちらもその年の所得税額を確定・納付するための手続きですが、対象者や適用できる控除などが異なります。

両者の大きな違いは、年末調整が「所得税の過不足を精算するために企業が行う手続き」であるのに対して、確定申告は「所得税の税額を確定させるために納税者本人が行う手続き」であることです。

多くの給与所得者に確定申告は必要ありませんが、年収2,000万円を超える人や、副業による所得金額が20万円以上ある人、年末調整では対応できない控除を受けたい人、年の途中で転職して年末調整までに前勤務先の源泉徴収票を提出できなかった人などは、自身で確定申告を行う必要があります。

年末調整と確定申告の主な違いは、下表のとおりです。

年末調整で受けられる控除と確定申告が必要な控除

所得税の計算にあたっては、さまざまな控除制度があります。それぞれの控除には要件が定められており、年末調整や確定申告で適用することで税負担が軽減されます。

ただし、控除の中には、年末調整で対応できる控除と確定申告が必要な控除があります。

給与所得の中の控除

年末調整で適用できる控除には、さまざまな種類がありますが、まずは給与所得の中の控除を確認していきます。

給与所得控除

給与所得控除は、必要経費相当額として給与収入から一定の金額を引き、給与所得の金額を算出できる制度です。控除額は、給与等の収入金額に応じて以下のとおりとなっています。

• ※国税庁「No.1410 給与所得控除」

所得金額調整控除

所得金額調整控除は、2020年分から新設された新しい控除制度です。所得税や住民税を計算する際のベースになる所得金額から、一定の控除が受けられます。以下の要件のいずれか、または両方に該当する場合に適用されます。

また、所得金額調整控除は、例えば夫婦共働きで二人とも年収850万円を超えており、23歳未満の扶養親族がいる場合、夫婦両方とも適用を受けられます。このようなケースでは、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」だけでは判断できない内容があるため、「所得金額調整控除申告書」を従業員から会社に提出してもらうことが必要です。

所得控除

所得控除とは、納税者の個人的事情に合わせて、所得額から一定の金額を差し引く制度です。所得控除は全部で15種類ありますが、そのうち年末調整で対応できるものは以下のとおりです。

税額控除

税額控除は、算出された所得税額から直接、一定の金額を控除する制度です。年末調整で適用できる控除の中で、税額控除にあたる内容は、2年目以降の「住宅借入金等特別控除（以下、住宅ローン控除）」になります。

住宅ローン控除とは、住宅ローンを利用してマイホームの購入やリフォームなどをした際、所定の要件を満たすと、ローン残高に応じた金額を所得税から控除できる制度です。住宅ローン控除を初めて受ける年（初年度）は確定申告をする必要がありますが、2年目以降は年末調整で対応が可能です。

確定申告が必要な控除

給与と年金の収入がある人の所得金額調整控除は、確定申告での控除となります。年末調整では対応できないため、忘れずに申告を行いましょう。

医療費控除

医療費控除は、一定額以上の医療費や医薬品の購入費を支払った場合に適用できる控除になります。通常の医療費控除とセルフメディケーション税制（医療費控除の特例）の2種類があり、利用できるのはどちらか一方です。

寄附金控除

寄附金控除は、国や地方公共団体への寄附、ふるさと納税（ワンストップ特例を申請していない場合）などを行った場合に適用できる控除です。

雑損控除

雑損控除は、災害や盗難、横領により住宅・家財などに損害を受けた場合に受けられる控除で、対象となる資産は、通常の生活で必要な資産と決まっています。

住宅ローン控除（1年目）

住宅ローン控除は、住宅ローンを利用してマイホームの購入やリフォームなどをした際に、所定の要件を満たすことで適用できる控除で、初年度（1年目）は確定申告が必要となります。

年末調整の流れ

一般的に、年末調整の準備は10月下旬ごろから始まります。年末調整ではさまざまな手続きが必要になるため、スムースに進められるように流れを確認しておきましょう。

1. 各種申告書の配付と回収

まず、年末調整に必要な書類を従業員に配付し、記入を依頼します。11月中旬から11月下旬ごろには必要書類を回収できるように、早めに依頼をしましょう。同時に、書類の書き方などについて、従業員からの問い合わせに対応できる体制を整えておくことも大切です。年末調整で配付と回収が必要な書類は以下のとおりです。

生命保険料控除や地震保険料控除、住宅ローン控除を適用する場合は、企業が配付・回収する書類の他に、従業員から提出してもらう書類があります。保険会社などが発行した保険料控除証明書や、金融機関が発行した住宅ローン年末残高証明書などです。また、住宅ローン控除の申告には「住宅借入金等特別控除申告書」の記入と提出が必要ですが、申告書は該当する従業員へ金融機関から送付されるため、企業からの配付は不要です。

その他にも、年の途中で転職してきた従業員の場合は、前の勤務先から発行された源泉徴収票を提出してもらう必要があります。

また、2024年のみ定額減税の項目が申告書に追加されています。要件を満たす納税者本人とその同一生計配偶者または扶養親族1人につき、所得税3万円が税金から控除される制度となっているため、該当箇所への記入漏れがないか注意しましょう。また、住民税については、前年の所得に応じて定額減税が決まっているため、この申告書への記載箇所はありません。

2. 年末調整の計算

12月に支給する給与や賞与の金額が確定したら、1年間の給与支払額と各種控除額を計算し、その年に納めるべき税額（年調年税額）を算出します。そして、年調年税額と源泉徴収額を照らし合わせて、所得税を納めすぎていた従業員には還付し、不足していれば追加徴収を行います。

3. 申告書類の作成と提出

源泉徴収票や法定調書合計表、給与支払報告書といった書類を作成し、税務署や市区町村へ提出します。提出期限は対象となる年の翌年1月31日（土日祝の場合は翌平日）です。なお、源泉徴収票については、従業員本人へも交付が必要です。

年末調整を行わないとどうなる？

源泉徴収を行う事業者にとって、年末調整は義務です。企業が年末調整をしなければ、従業員は所得税の納付を完了させることができません。年末調整を正しく行っていない企業は、次のような罰則の対象になります。

ただし、申告書の未提出や控除の申告漏れ、控除申告に必要な証明書の紛失など、従業員の過失によって正しく年末調整ができなかった場合は、後日、従業員本人が確定申告を行うことになります。

年末調整の業務は給与ソフトで効率化を

年末調整では、従業員からの書類回収やチェック、所得税額の計算、源泉徴収票の作成など、膨大な業務が発生します。さらに、年末調整には期限があるため、全体の流れを把握したうえで、計画的に業務を進めることが重要です。

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この記事の監修者税理士法人古田土会計
社会保険労務士法人エムケー人事コンサルティング

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