年末調整と確定申告が両方必要な場合とは？両者の違いやパターンを解説

監修者：税理士法人古田土会計 社会保険労務士法人エムケー人事コンサルティング

2024/03/01更新

会社員などの給与所得者は、ほとんどの場合、勤務先で年末調整を行えば確定申告は必要ありません。一方で、給与所得者の中には、年末調整を行っていても確定申告が必要な人や、確定申告をした方がいい人もいます。年末調整と確定申告の両方が必要になるのは、どのようなケースなのでしょうか。

ここでは、年末調整と確定申告の違いや両方が必要になるケースの他、年末調整と確定申告を両方行う場合の注意点などについて解説します。

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年末調整と確定申告はどちらも所得税に関わる手続き

年末調整と確定申告は、どちらも所得税に関わる手続きです。両者の大きな違いは、年末調整が「所得税の過不足を精算するために企業が行う手続き」であるのに対して、確定申告は「所得税の税額を確定させるために納税者本人が行う手続き」であることです。

まずは、年末調整と確定申告にどのような違いがあるのか確認していきましょう。

年末調整：所得税の過不足を調整する手続き

年末調整は、給与所得者の所得税の過不足を調整するために、勤務先である企業が行う手続きです。年末調整の対象になるのは、会社員など、勤務先から給与を受け取っている給与所得者です。

給与所得者の所得税は、月々の給与や賞与から源泉徴収（天引き）され、本人に代わって勤務先の企業が納めています。ただ、源泉徴収された所得税は概算であって、正しい納税額ではありません。そのため、企業は1年間の給与が確定した時点で個々の所得税額を計算し、源泉徴収した所得税との差額を調整します。そして、所得税を納めすぎていれば本人に還付し、不足していれば追加徴収します。このような所得税の精算手続きが年末調整です。多くの給与所得者は年末調整によって、その年の所得税の納税が完了します。

確定申告：所得税額を申告するための手続き

確定申告は、1年間の所得から納めるべき所得税額を申告するために、納税者本人が行う手続きです。確定申告を行うのは、主に、事業所得のある個人事業主や、不動産所得のある人などです。

1年間の収入から経費などを差し引いて所得を算出し、その所得をもとに、納めるべき所得税を自分で計算します。そして、所得金額や所得税額を税務署に申告し、所得税を納付します。その年に源泉徴収が必要な報酬・料金を受け取っていた場合は、確定申告を行うことによって、納めすぎていた分があれば還付を受けられる仕組みです。

また、個人の所得には、発生形態に応じて、給与所得や事業所得などさまざまな種類があります。年末調整は給与所得のみを対象としますが、確定申告では全ての所得が対象です。そのため、会社員であっても給与以外に一定額以上の所得がある場合や、年末調整で行えない申告がある場合は、別途確定申告を行う必要があります。例えば、1年間の給与総額が2,000万円を超えた人は、給与所得者でも年末調整の対象外となるので確定申告が必要です。

その他、所得税を計算するときには、要件を満たすと一定金額を所得から差し引くことができる「所得控除」という仕組みがあります。所得控除のうち、医療費控除などの一部の控除は、年末調整では手続きができません。一方、確定申告では全ての控除を申告することができます。そのため、年末調整では対応できない控除を適用したい場合は、自分で確定申告を行う必要があります。

年末調整と確定申告の両方を行う場合

前述したように、年末調整と確定申告は対象となる所得や控除の種類が違うので、勤務先で年末調整を受けていても、別途確定申告を行わなければならないケースがあります。また、義務はないものの、年末調整とは別に確定申告をした方が納税者にとってメリットが大きい場合もあります。

では、年末調整と確定申告の両方を行うのは、どのような場合なのでしょうか。ケースごとに見ていきましょう。

会社員でも確定申告が必要なケース

年末調整と確定申告の両方が必要になるのは、主に下記のようなケースです。

2か所以上から給与の支払いを受けている

年末調整ができるのは1人1か所だけです。「会社員として働きながら、ダブルワークでアルバイトをしている」など、2か所以上から給与の支払いを受けている人は、メインの勤務先1か所で年末調整を行うことになります。このような場合、メインの勤務先以外からの給与収入が20万円を超えたら確定申告が必要です。

副業の所得が20万円を超える

給与所得および退職所得以外の所得が20万円以上となった場合は、勤務先での年末調整とは別に確定申告を行う必要があります。例えば、会社員が、副業でフリーランスとして働いているようなケースです。

年の途中で転職し、前職の収入を年末調整に反映できていない

年の途中で転職した場合、前の勤務先から受け取った源泉徴収票を転職先に提出すれば、まとめて年末調整を受けられます。しかし、源泉徴収票の提出が間に合わないなど、前職の収入を年末調整に反映できなかった場合は、別途自分で確定申告が必要です。

不動産の売却利益がある

土地や家屋といった不動産を売却して利益を得た場合は、原則として確定申告が必要です。また、マイホームの売却で利益が出た際に受けられる、譲渡所得の3,000万円控除を適用する際にも確定申告が必要となります。

会社員でも確定申告をした方が良いケース

下記のようなケースは、勤務先で年末調整を受けたとしても、個人で確定申告を行った方がいいでしょう。

医療費控除など、年末調整では対応できない控除を受けたい

所得控除のうち、医療費控除、寄附金控除、雑損控除の3つは、年末調整で申告手続きができません。これらの控除を適用したい場合は、確定申告が必要です。

自分だけでなく扶養対象の家族にも関わってくるのが、医療費控除です。医療費控除とは、自分や生計を一にする配偶者・親族のために支払った医療費から、保険金などで補填される額を差し引いた額が10万円（総所得金額が200万円未満の場合はその5％）を超えた場合に、その超えた金額（最高で200万円）が所得から控除される制度です。

また、雑損控除とは、自然災害や火災、盗難、横領などによって生活に必要な資産が損害を受けた場合に適用される所得控除です。

ふるさと納税の納付先自治体が6か所以上ある

給与所得者がふるさと納税をしたときには、確定申告をしなくても寄附金の控除が受けられる「ワンストップ特例制度」があります。ただし、ワンストップ特例制度を利用するには、1年間の寄付先が5自治体以内という条件があります。ふるさと納税の寄付先が6自治体以上になった場合は、寄附金控除を受けるために確定申告が必要です。

なお、寄付先の自治体が5か所以内であっても、確定申告をするとワンストップ特例制度は利用できなくなります。そのため、前述した医療費控除や雑損控除とふるさと納税を同時に受けたい場合は、確定申告で寄附金控除の申請が必要になります。

住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）を初めて受ける

初めて住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）を利用する年は、確定申告が必要です。住宅借入金等特別控除とは、住宅ローンを利用してマイホームの購入やリフォームなどをした際に、ローン残高に応じた金額を所得税から控除できる制度です。所得から引かれる所得控除ではなく、所得税額から直接所定の金額が差し引かれる税額控除となります。なお、2年目以降は年末調整での手続きが可能なので、確定申告は不要です。

年末調整と確定申告の両方を行う際の注意点

年末調整と確定申告の両方を行う場合、確定申告をするのは年末調整が終わった後です。なぜなら、確定申告にあたって、年末調整完了後に発行される源泉徴収票が必要になるからです。

従来、給与所得者が確定申告を行う際には、源泉徴収票の添付が必要でした。しかし、2019年度（令和1年度）の税制改正によって、確定申告での源泉徴収票の提出は不要になっています。とはいえ、確定申告書の記載内容には、収入金額や源泉徴収額など、源泉徴収票から転記する項目が数多くあります。スムースに確定申告書を作成するためにも、源泉徴収票は必ず保管しておきましょう。

また、以前は、確定申告で提出する申告書は、主に給与所得者が使用する「申告書A」と、主に個人事業主などが使用する「申告書B」の2種類に分かれていました。しかし、2023年の確定申告から申告書Aが廃止され、申告書の様式が1種類に統一されました。

副業収入があるなど、確定申告が必要であるにもかかわらず申告をしていないと、納めるべき税金を滞納していることになり、延滞税などのペナルティーが発生するおそれがあります。また、確定申告をしないことで、本来なら適用できるはずの控除や還付を受けられなくなってしまう可能性もあります。「確定申告は個人事業主などが行うもので、会社員には関係ない」などと思わず、両方行う必要がないかどうかをよく確認することが大切です。

また、確定申告の各種控除などの優遇措置には、その後の更正の請求では認められない手続きがいくつかあります。例えば、前述のマイホームの売却益の3000万円控除などが該当します。確定申告を行う際は、他に申告するべき所得や適用できる控除がないか、確認が必要です。不動産売却など特別な収入があった場合は、税務署や税理士に相談するのもよいでしょう。

年末調整をしても確定申告が必要なこともある

一般的に、会社員などの給与所得者は、年末調整を行えば所得税の納税は完了します。しかし、場合によっては、年末調整を行っていても、個人で確定申告が必要なケースがあります。

例えば、副業の給与収入または給与以外の所得が20万円を超えると、会社員であっても別途確定申告が必要となります。自社の従業員がダブルワークをしている場合は、どの勤務先で年末調整を行うのかを確認しておくことも大切です。

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この記事の監修者税理士法人古田土会計
社会保険労務士法人エムケー人事コンサルティング

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