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年末調整はいつまでに行う?期限や提出書類をわかりやすく解説

監修者:税理士法人古田土会計 社会保険労務士法人エムケー人事コンサルティング

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年末調整は、納めるべき所得税額と源泉徴収税額の過不足を精算する手続きです。年末調整業務の担当者は、提出書類の確認や提出の期限を厳守し、期限内に適切な手続きを進めることが重要です。本記事では、年末調整をいつまでに行うべきか、どのような提出書類があるのかについて解説します。

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年末調整とは

年末調整は、従業員が1年間に支払った所得税の過不足を精算する手続きです。給与から毎月源泉徴収している所得税と復興特別所得税の税額は、1年間の所得総額によって税率が変動して決定します。これは、収入の少ない方の税負担を軽減するためのしくみです。

しかし、企業は各従業員の毎月の給与額に基づき概算で源泉徴収税額を決定して徴収しなければなりません。概算で徴収した税額と、1年間の総額で決定された税額に差異が生まれる可能性があるため、年末調整が必要になります。

また、所得にはさまざまな控除があるため、1年間の終わりに申請すると、収入の総額から控除額を差し引くことが可能です。これにより所得税額、復興特別所得税額を低くできます。

源泉徴収税額よりも1年間の総額で決定された税額が少ない場合は、その年の12月か翌年1月に還付金としてお金が戻ってきます。ただし、源泉徴収税額よりも1年間の総額で決定された税額が多い場合は追加徴収となるため、その年の12月か翌年1月に給与から不足分の税額が引かれます。よって、年末調整は国が正しく源泉徴収税を徴収するためのしくみと言えるでしょう。

年末調整はいつからいつまでに行う?

企業は、従業員から徴収した源泉徴収税額の納付や各種書類の提出を行わなければなりません。期日も定められているため、以下のように余裕を持ったスケジュールで対応する必要があります。

会社の対応 従業員の対応
10月
  • 申告書を従業員に配付
配付された申告書の記入
11月
  • 1年間の途中で入社した従業員の源泉徴収票や、前月に配付した申告書の回収
  • 源泉徴収票の提出(途中入社の場合)
  • 控除申告書の提出
  • 控除証明書の提出
12月
  • 各従業員の源泉徴収税額と所得税額の差異を計算
  • 差額がある場合は精算して、源泉徴収票を作成(1月に行う場合もある)
翌年1月
  • 原則1月10日までに、納期の特例の適用を受けている場合は1月20日までに源泉所得税を納付
  • 法定調書を作成して1月31日までに提出

これらの時期は、企業ごとに前後することがあります。会社と従業員の対応についてそれぞれ解説します。

会社の対応

企業が従業員から徴収した1年間の税額は、翌年の1月10日まで(納期の特例の適用を受けている場合は1月20日まで)に年末調整を加味して税務署に納税しなければなりません。また、給与支払額などの法定調書の提出も1月31日までに行わなければならないため、1年の終わりである12月に年末調整を行うことがほとんどです。

これらを加味すると、以下のようなスケジュールになります。

  • 10月:控除用の申告書などを従業員に配付します。
  • 11月:1年間の途中で入社した従業員の源泉徴収票や前月に配付した申告書を回収します。
  • 12月:各従業員の源泉徴収税額と所得税額の差異を計算します。差額がある場合は精算して、源泉徴収票を作成します。(1月に行う場合もあります)
  • 翌年1月:1月10日までに源泉徴収税を税務署に納付します。また、法定調書を作成して、1月31日までに税務署に提出します。

従業員の1年間における収入の総額や、申告に関する事項が決定するのが12月になるため、11月ごろから準備して12月に年末調整をすることも多くあります。また、1月10日と31日の期日に間に合えばよいため、1月に差額の精算を行っても問題ありません。ただし、納付や提出に遅れてはならないので、余裕を持って年末調整業務を行うことが重要です。

従業員の対応

従業員には、企業から配付された申告書や払込先から届いた控除証明書などを提出してもらう必要があります。これらの書類の回収は、11月から12月にかけて行うことが一般的です。控除にもさまざまな種類があるため、各従業員に適用される控除を確認して適切に年末調整を行いましょう。

年の途中で年末調整を行う人

海外転勤や退職に伴い、1年の途中で年末調整を行わなくてはならないことがあります。例えば、以下のようなケースが挙げられます。

  • 海外への転勤で日本に居住しなくなった従業員
  • 大きな心身の障害により退職した者(退職した年に再就職して給与を受ける場合は必要なし)
  • 給与総額が103万円以下のアルバイト(退職した年に他の勤務先から給与を受ける場合は必要なし)
  • 12月の給与等を受け取って退職した者
  • 死亡して退職した者

中途退職者でも上の条件に当てはまらなければ、1年の途中で年末調整をする必要はありません。

また、海外転勤をする従業員がいる場合は、給与が2,000万円以下かつ1年以上勤務の予定で、年末調整が発生します。これは、1年未満の場合を日本国居住者とみなし、1年以上の場合を日本国非居住者と扱うためです。

非居住者になった場合は国内の源泉所得とみなされないため、税金を払う必要はありません。ただし、日本国法人の役員として報酬を受け取る場合は、20.42%の源泉徴収が必要です。

年末調整に必要な書類

年末調整では、以下のようにすべての従業員が提出しなければならない書類と、控除を受ける従業員のみが提出する書類の2通りがあります。

すべての従業員の提出が必要な書類

  • 給与所得者の扶養控除等(異動)申告書

控除を受ける従業員のみ提出が必要な書類

  • 給与所得者の保険料控除申告書
  • 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告
  • 給与所得者の(特定増改築等)住宅借入金等特別控除申告書 兼 (特定増改築等)住宅借入金等特別控除計算明細書
  • 保険料の支払いに関する証明書類

控除を適用するうえで証明書の添付が必要な場合があります。例えば、住宅ローンや保険にかかわる控除では証明書が必要です。これらの証明書は、従業員が契約している企業から送られてくるため、適切に保管して年末調整の時期までに提出してもらうよう伝えましょう。送付される時期は契約した時期にもよりますが、主に10月〜翌年1月初旬となっています。

年末調整後に企業が提出する書類

年末調整を行った後は、税務署や市区町村に書類を提出します。

税務署に提出する書類

企業が提出する書類には、「法定調書合計表」「源泉徴収票」「支払調書」の3つがあります。それぞれ以下のような事柄を記載します。

  • 法定調書合計表:企業が支払った給与や報酬、徴収した税額を集計した書類。
  • 源泉徴収票:企業が従業員に支払った給与・賞与と納付された所得税額、控除された額などを記載した書類。
  • 支払調書:従業員や業務を委託した事業主などに、源泉徴収の適用がされる報酬を支払った場合に作成する書類。

この中でも法定調書合計表には、以下のようにさまざまなものがあります。

  • 給与所得の源泉徴収票合計表
  • 退職所得の源泉徴収票合計表
  • 不動産の使用料等の支払調書合計表
  • 報酬、料金、契約金および賞金の支払調書合計表

企業は、金銭の支払いがあったものに関して、合計表に記載して提出しなければなりません。国はこれらの書類によって所得税に関する情報を判断するため、正確な記載が必須です。

市区町村に提出する書類

従業員の所得に応じて各市区町村は、住民税の金額を決定します。そのため、企業は所轄する自治体に給与支払報告書を提出しなければなりません。この報告書には、以下のように2つの書類があります。

  • 個人別明細書:従業員ごとの給与をまとめて記載したもの。内容は基本的に源泉徴収票と同じ。
  • 総括表:各市区町村で対象となる従業員を把握するための書類。

これらの提出期限は、翌年の1月31日までとなっています。個人別明細書は、各市区町村で対象となる従業員の住民税額を決定するための書類です。その一方で、統括表は、各市区町村が企業の給与支払い状況を確認する書類です。

これら2つの書類により、住民税額の計算と給与支払い状況の把握が行われます。住民税は国が定めた税金なので、漏れなく提出が必要です。 ただし、退職した従業員へ1年間に支払った給与の総額が30万円以下である場合、提出が不要になる自治体もあります。

年末調整のタイミングに関してよくある質問

年末調整はいつからいつまでの給与が対象?

年末調整の対象となるのは、1月1日から12月31日までに支払った給与です。12月31日までに支払ったものが適用されるので、翌年に支払いとなるものは該当しません。その他、賞与に関しても年末調整の対象になるので、注意が必要です。所得税がかかったものは年末調整の対象となるので、すべて計算します。

また、前述しているように中途退職者や海外転勤の従業員の場合は、年の途中で年末調整が発生することがあります。適用となる条件を確認して、見落とさないように年末調整をしなければなりません。同様に、1年間の途中で入社した従業員に関しても年末調整が発生します。もし12月に入社した場合は、その月に給与の支払いがあるかによって変わります。12月に給与の支払いがあれば、年末調整が必要です。

同様に、1年間の途中で入社した従業員に関しても年末調整が発生します。もし12月に入社した場合は、その月に給与の支払いがあるかによって変わります。12月に給与の支払いがあれば、年末調整が必要です。

年末調整の書類提出が遅れたらどうする?

従業員の年末調整の書類提出が遅れた場合、1月31日までに書類を提出してもらいましょう。例えば、控除にかかわる書類を紛失した場合も、再発行などが間に合えば控除を受けられます。ただし年末の時期は、発行が遅れることもあるので注意が必要です。

もし従業員からの提出が遅れてしまった場合は、その後の確定申告の時期に従業員自身が書類を提出すれば、控除を受けられます。確定申告は例年2月16日〜3月15日の間ですが、2025年は2月17日~3月17日ですので注意してください。

また、申告の期限が迫ってくると申告する人が多くなるため、従業員に早めの対応を促すことが重要です。還付申告は、年明け1月1日から申告することができます。

申告書提出後の修正はいつまでできる?

申告書提出後に内容の修正が必要な場合は、税務署や市区町村に書類を提出する前に、従業員から担当部署に連絡をもらう必要があります。また、企業は提出された申告書を基に源泉徴収票を作成しますが、作成後は修正の対応が難しくなるため、従業員には速やかに修正の申し出を促しましょう。

源泉徴収票の作成が完了している場合や、1月31日までに修正が間に合わなかった場合は、確定申告のタイミングで修正が可能です。ただし、従業員には、できるだけ早く修正の手続きを進めてもらうよう周知することが大切です。

年末調整をいつ行うべきか整理しよう

年末調整においては、従業員に申告書の提出を指示し、適切な時期に回収を行います。しかし、提出後に従業員から修正の依頼があった場合は、源泉徴収票の作成前に対応する必要があります。この時期を過ぎると修正が難しくなるため、早めに修正の申し出をするよう促すことが重要です。もし修正が間に合わなかった場合は、従業員が確定申告で修正することも可能です。

また、1月10日までに源泉徴収額を納付して、1月31日までに年末調整の書類の提出が必須となるため、この期限を守って適切に業務を行うことが大切です。

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この記事の監修者税理士法人古田土会計
社会保険労務士法人エムケー人事コンサルティング

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