卸売業者が理解しておくべきインボイス制度とは？卸売市場特例についても解説

2024/09/20更新

2023年（令和5年10月1日）から始まった「インボイス制度」が、卸売業者にどのような影響があるのか気になる方もいるのではないでしょうか。

本記事ではインボイス制度の概要を説明しつつ、取引先（買手側・売手側）への影響や、卸売市場特例による適格請求書（インボイス）を必要としない取引についても解説します。インボイス制度についてあまり詳しくないと感じる卸売業者は、参考にしてみてください。

インボイス制度とは？

2023年（令和5年）10月1日から始まった「インボイス制度」とは、消費税の仕入税額控除の金額を正しく計算するための制度です。正式名称を「適格請求書等保存方式」といいます。また、インボイスとは一定の記載要件を満たした請求書や領収書などの証憑書類を指し、正式には「適格請求書」と呼称します。

従来、請求書に記載する項目に指定はありませんでしたが、2019年（令和元年）10月1日以降「軽減税率」が導入されたタイミングで、記載する項目が定められた「区分記載請求書等保存方式」が導入されました。区分記載請求書は誰でも発行できるうえに、買手側は区分記載請求書があれば、誰からの仕入れであろうと消費税の仕入税額控除ができました。

しかし、インボイス制度が開始されたあとは、適格請求書がないと買手側は原則的に消費税の仕入税額控除ができなくなりました（買手側が簡易課税制度を選択している場合などを除く）。適格請求書を発行するには、適格請求書発行事業者に登録する必要があります。免税事業者の場合、登録を行うと登録日から消費税の納税義務のある課税事業者になります。

インボイス制度に対応するなら適格請求書発行事業者登録が必要

適格請求書は誰でも自由に発行できるわけではなく、適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者に限られます。免税事業者が、適格請求書発行事業者になると課税事業者となり、消費税の納税義務が発生します。

適格請求書発行事業者になるには、登録申請書に必要事項を記入して、管轄のインボイス登録センターに提出しなければいけません。国税庁の公式サイトから申請用紙のダウンロードが可能なため、必要事項を記入したあとに提出しましょう。

適格請求書発行事業者への申請手続きについては、以下の記事で詳細を説明しています。

• 適格請求書発行事業者とは？登録方法と申請書の提出先、期限について解説

インボイス制度による影響がある業種

課税事業者である法人の場合、すべての業種でインボイス制度の影響を受けるでしょう。売手側である免税事業者との取引において、適格請求書が受け取れないと、消費税の仕入税額控除が使えないので納税負担が増えます。

そもそも卸売業の販売相手は、最終消費者ではなく事業者なので、課税事業者である事業者が取引相手であることがほとんどです。

そのため、法人だけでなく、個人事業主や自営業の方も、インボイス制度の開始により影響を受けます。

免税事業者だと適格請求書が発行できないので、卸売先（買手側）からの値下げ交渉や受注を減らす可能性があるからです。ただし、適格請求発行事業者ではないことを理由に、取引対価の引き下げや取引停止などを行うと卸売先は独占禁止法などに抵触する可能性があります。そのため、卸売先の対応内容によっては、上記のデメリットが解消される場合があります。

一方、塾講師など個人（最終消費者）を相手にする業種は適格請求書を発行する必要がないため、適格請求書発行事業者にならなくても大きな問題になりません。

卸売業者がインボイス制度に対応したほうがいい理由

卸売業者はインボイス制度への対応を検討したほうがいい業種の1つです。適格請求書が発行できないと、卸売先（買手側）は消費税の仕入税額控除ができえないので、納税額が増えるためです。なお、免税事業者との取引でも経過措置により、買手側は一定期間、一定割合を仕入税額控除が可能です。

適格請求書発行事業者の登録は任意なので、登録しないときの罰則はなく、インボイス制度への対応は法人や個人の判断に委ねられています。ただし、買手側は「適格請求書を発行できる卸売業者と契約したい」と考えて、仕入先（売手側）を見直す可能性もあります。

インボイス制度開始による企業への影響については、以下の記事で詳しく解説しています。

• 中小企業はインボイス制度にどう対応すべき？準備しておくことを解説

インボイス制度で卸売業者が注意したいこと

卸売業者である自身が、適格請求書発行事業者になった場合、インボイス制度開始後の取引で卸売業者が注意したいことは、以下の4つです。

• 免税事業者（売手側）からの取引では、自身は原則的に仕入税額控除ができない事務作業が煩雑化する
• 会計システムを更新する必要がある
• 適格請求書の保存義務がある

こちらを参考に、インボイス制度への理解を深めてみてください。

免税事業者（売手側）からの取引では自身は原則的に仕入税額控除ができない

インボイス制度開始後、免税事業者（売手側）からの取引では、消費税の仕入税額控除が使えなくなり、インボイス制度前と同じ金額で購入するとコストアップになります。

そのため、インボイス制度開始後は、売手側である免税事業者との取引を慎重に進めなければ、利益が減る可能性もあります。売手側が適格請求書発行事業者になるかは確認しておきましょう。

ただし、仕入税額控除には6年間の経過措置期間があります。免税事業者が売手側でも一定割合を仕入税額控除できます。2023年10月1日～2026年9月30日までは80％、2026年10月1日～2029年9月30日までは50％が控除可能です。

また、買手側である卸売業者自身が消費税の簡易課税制度を選択している場合は、受け取る請求書は適格請求書である必要はありません。そのため、免税事業者との取引でも仕入税額控除が受けられます。

事務作業が煩雑化する

インボイス制度では、事務作業が増えます。免税事業者と課税事業者の2つの取引先（売手側）がいるケースでは、適格請求書とそうではない請求書との仕分けが必要です。

また、適格請求書に記載された項目が間違っていると、売手側に修正を依頼しなければいけません。受け取った適格請求書を1つずつ確認する必要があるので、事務作業にかかる時間は今までより多くなるでしょう。

前述したように買手側である卸売業者自身が消費税の簡易課税制度を選択している場合は、受け取る請求書は適格請求書である必要はありません。そのため、簡易課税制度を選択している場合は、請求書の確認にそこまで神経質になる必要はありません。

しかし、卸売事象者自身が売手側である場合には、項目など要件を満たした適格請求書の発行と保存が必要なので、その分の事務作業は増えると認識しておきましょう。

適格請求書の保存義務がある

適格請求書は発行や受け取りに対して、保存の義務があります。適格請求書を発行すると「交付した日または提供した日の属する課税期間の末日の翌日から2月を経過した日から7年間」は控えを保管しなければいけません。また、買手側として消費税の仕入税額控除を受けるには、売手側の適格請求書を受け取ったあと7年間保管する必要があります。

卸売市場特例とは？

買手側の消費税の仕入税額控除には適格請求書が必要ですが、卸売業に関わる一部の業態に関しては、適格請求書の発行が免除される「卸売市場特例」の制度があります。生鮮食品や加工食品、農産物など卸売市場や農協を通じて取引される商品は、生産者が適格請求書を発行するのが困難であるため、交付義務が免除されます。

生産者が適格請求書を発行できないかわりに、卸売市場や農協が発行する書類を保存すれば、買手側である卸売業者は消費税の仕入税額控除が可能です。

卸売市場特例の対象となる取引先（売手側）

卸売市場特例の対象となる取引先（売手側）は、以下3つです。

• 1.
  農林水産大臣の認定を受けた中央卸売市場
• 2.
  都道府県知事の認定を受けた地方卸売市場
• 3
  農林水産大臣の確認を受けた卸売市場（1および2に準ずる卸売市場）

卸売市場特例が適用される条件として、農林水産大臣や都道府県知事の認定を受ける必要があります。卸売市場特例の対象となる市場は、農林水産省の公式サイトで確認できます。

ただし、卸売市場特例の適用は、農林水産大臣や都道府県知事の認定を受けた市場に限定されます。したがって、ほかの取引（売手側・買手側）において、多くの卸売業者はインボイス制度への対応の検討が必要です。取引先に確認した上で、適切に対処していきましょう。

卸売業者が知っておきたい支援制度

インボイス制度開始前に卸売業者が知っておきたい支援制度は、以下の3つです。

• 免税事業者（売手側）の仕入れに対して最大6年間控除が使える
• インボイス制度の対応に必要な補助金
• 制度が使える
• 1万円未満の取引（買手側・売手側）において適格請求書の発行は不要になる

こちらを参考にして、インボイス制度に対応する準備を進めましょう。

免税事業者（売手側）の仕入れに対して最大6年間控除が使える

免税事業者（売手側）との取引では、消費税の仕入税額控除は使えませんが、経過措置として最大6年間控除を受けられます。経過措置の適用期間は、以下のとおりです。

簡易課税制度を選択している卸売業者は、みなし仕入税率を90％に設定できるため、経過措置を使うメリットはありません。簡易課税制度を選択できない卸売業者は、免税事業者との取引で節税のメリットがある経過措置の利用を検討してみてください。

インボイス制度の対応に必要な補助金制度が使える

インボイス制度に対応するために会計システムやレジの機械を購入した場合、補助金を申請できるかもしれません。補助金制度の概要は、以下の表のとおりです。

次の補助金制度は、2024年（令和6年）8月現在の情報です。補助金事業は年度ごとに内容や要件が変わることもあるため、検討する際は最新の情報をよく確認してください。

持続化補助金は小規模事業者に限定されますが、IT導入補助金は中小企業も含まれるため、事業規模にあわせて申請できる制度は積極的に活用してみてください。

1万円未満の取引（買手側・売手側）において適格請求書の発行は不要になる

1万円未満の課税仕入れ（経費等）については、適格請求書の保存がなくても帳簿の保存のみで消費税の仕入税額控除ができます。中小事業者を対象として、利用する条件は「2年前（基準期間）の課税売上が1億円以下、または1年前の上半期（個人は1〜6月）の課税売上が5千万円以下の事業者」です。

2023年（令和5年）10月1日〜2029年（令和11年）9月30日まで使えるので、条件に当てはまる卸売業者は少額取引において適格請求書の発行が不要と覚えておきましょう。

卸売業者のインボイス制度対応についてよくある質問

卸売業者のインボイス制度の対応について、よくある質問は以下の2つです。

• インボイス制度に対応していない農家や農協との取引はどうなりますか？
• 適格請求書の発行が必要のない取引はありますか？

気になる項目があれば、ここで疑問点を解消しておきましょう。

インボイス制度に対応していない農家や農協との取引はどうなりますか？

JAなどに委託販売をしている農家であれば、農協特例の対象になるので、適格請求書がなくても消費税の仕入税額控除は使えます。個人農家との取引ではインボイス制度の影響を受けるため、注意が必要です。

取引先（売手側）が適格請求書発行事業者に登録していないと、適格請求書を受け取れないので消費税の仕入税額控除は使えません。個人農家（売手側）との取引では、インボイス制度に対応する予定があるか、事前に確認しておきましょう。

適格請求書の発行が必要のない取引はありますか？

卸売市場特例や農協特例のほかに、以下の条件であれば適格請求書の交付が免除されます。

• 公共交通機関である船舶、バスまたは鉄道による旅客の運送（3万円未満）
• 自動販売機等により行われる課税資産の譲渡等（3万円未満）
• 郵便切手を対価とする郵便サービス（郵便ポストに投函したものに限る） ほかにも、帳簿の保存で消費税の仕入税額控除が認められる取引は、以下があげられます。
• 適格簡易請求書の記載事項（取引年月日を除く）が記載されている入場券等が使用の際に回収される取引
• 古物営業、質屋または宅地建物取引業を営む者が適格請求書発行事業者でない者から棚卸資産を取得する取引
• 適格請求書発行事業者でない者からの再生資源または再生部品の購入
• 従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費・宿泊費・日当および通勤手当等に係る課税仕入れ

上記の条件を満たす取引があれば、適格請求書を発行する手間を省略できますので、どのような取引が該当するのか事前に確認しておきましょう。

インボイス制度での取引について理解を深めよう

本記事では、インボイス制度の概要や取引先（売手側・買手側）への影響について解説しました。適格請求書が発行できないと、取卸売先（買手側）は消費税の仕入税額控除ができないので、卸売業者は適格請求書発行事業者への登録をしたほうが無難でましょう。

また、卸売業者自身が、適格請求書発行事業者の場合、卸売市場特例については生鮮食品や加工食品、農産物など卸売市場や農協を通じて取引される商品に適用されます。適格請求書がなくても卸売市場が発行する書類で消費税の仕入税額控除は認められますが、一部の市場に限定される制度です。

したがって、卸売業者はほとんどの取引においてインボイス制度の影響を受けるため、インボイス制度への対応が必要だと認識をしておきましょう。

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