中小企業向けの勤怠管理システム10選｜導入メリットや選び方を解説

監修者： 税理士法人古田土会計 社会保険労務士法人古田土人事労務

2025/06/23更新

勤怠管理システムの導入を検討している中小企業にとって、業務効率化は大きな魅力です。特に、従業員の給与計算に使用する勤務状況の集計など、手間のかかる作業を自動化できる点に注目する企業も多いでしょう。しかし、現在はさまざまな勤怠管理システムが市販されており、自社にとって最適なツールを選ぶのは簡単ではありません。

本記事では、中小企業向けの勤怠管理システムを探している経営層や給与計算担当者に向けて、おすすめの勤怠管理システムを具体的に紹介します。また、導入のメリットや注意点、システム選定時のポイントについても解説します。自社に適したシステム導入にお役立てください。

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中小企業向けの勤怠管理システム10選

中小企業に適した勤怠管理システムは、「クラウドタイプ（クラウド型）」と「インストールタイプ（オンプレミス型）」の2種類に大別されます。それぞれ機能や導入形態に大きな違いがあり、さらに製品ごとに特徴や強みが異なります。そのため、自社に必要な機能や現在の勤怠管理方法を考慮しながら、最適なシステムを選定しましょう。以下では、それぞれのタイプからおすすめの5製品ずつを紹介します。

クラウドタイプ（クラウド型）おすすめ5選

クラウドタイプ（クラウド型）とは、インターネット経由でサービスを利用する「SaaS型」とも呼ばれ、初期費用を抑えやすく、導入・運用の手間が少ないのが特長です。

おすすめのクラウドタイプ（クラウド型）は以下のとおりです。

インストールタイプ（オンプレミス型）おすすめ5選

インストールタイプ（オンプレミス型）オンプレミス型は、自社のサーバーやパソコンにシステムをインストールして運用するタイプです。自社でシステムを管理するため、高いセキュリティを確保でき、自社のニーズに合わせて柔軟にカスタマイズできる点が特長です。ただし、メーカーが提供するクラウド型サービスとは異なり、セキュリティ対策や法改正への対応、機能の更新などは自社で行う必要があります。

おすすめのインストールタイプ（オンプレミス型）は以下のとおりです。

オンプレミス型は、あえてクラウド型ではない運用形態を選ぶ事業所に特に適しています。例えば、以下のようなケースが考えられます。

• 全従業員にPCやタブレットを配布していない事業所
• 定時開始の業務で、リアルタイムかつ対面での時間管理が求められる場合
• インターネット接続が不安定な環境、またはインターネットへの接続を極力避けたい場合

勤怠管理システムを中小企業が導入するメリット

勤怠管理システムの導入には、ある程度の費用や人的リソースが必要になります。そのため、導入によってどのようなメリットが得られるのかを事前に把握しておきましょう。

ここでは、「業務の効率化」「コスト削減」「法改正への対応」「多様な働き方への対応」という4つの視点から、勤怠管理システムの導入メリットを解説します。

業務の効率化につながる

勤怠管理システムを導入すれば、紙のタイムカードを手作業で読み取り、転記・集計するといった手間が不要になります。これにより、勤怠管理を担当するスタッフの業務負担が大幅に軽減されます。また、従業員自身もパソコンやスマートフォンから打刻や申請ができるようになり、全社的に事務作業のスピードアップに貢献します。

さらに、紙のタイムカードではどうしても管理にタイムラグが生じますが、システムを使えばリアルタイムで勤怠状況を把握できます。労働時間の管理がしやすくなり、残業時間の削減や、実態に応じた人員配置の最適化にも役立ちます。

コスト削減効果を期待できる

勤怠管理システムの導入により業務が効率化され、残業時間の削減や人件費の抑制につながります。また、勤怠管理にかかっていた人的リソースを、より生産性の高い業務に振り分けることが可能になります。

さらに、紙のタイムカードを使用していた場合、カードの購入費用等にコストも削減できます。そのうえ、紙による打刻管理ではミスや不正が発生しやすく、確認・修正作業に時間とコストがかかっていました。勤怠管理システムを活用すれば、打刻ミスや不正打刻を抑制でき、これらへの対応コストを削減できる点も大きなメリットです。

法改正などにも対応できる

クラウドタイプ（クラウド型）の勤怠管理システムは、残業時間に対する割増率の変更など、労働基準法などの法改正に自動に対応できるため、常に最新の法令に準拠した勤怠管理を行うことができます。これにより、法改正に関する情報収集や作業手順の変更にかかる手間を削減することが可能です。

また、分単位での時間管理が可能となり、法令遵守の観点でより適切な管理を実現します。結果として、対応漏れによるリスクを軽減し、コンプライアンス遵守の徹底が可能になります。

多様な働き方への対応が可能になる

勤怠管理システムでは、場所やデバイスを問わず勤怠記録ができるため、フレックスタイム制やテレワークといった多様な働き方にも柔軟に対応できるようになります。勤務体系や雇用形態に合わせたルール設定も行えるため、従業員一人ひとりのライフスタイルに合った働き方を実現することができ、従業員満足度の向上につながるでしょう。

また、勤務時間や残業、有給休暇の取得状況を、自身と管理職がリアルタイムで確認できるようになり、管理が可視化されます。さらに、有給休暇の取得管理もシステム上で簡単に行うことができ、年5日の有給取得義務（2019年の労働基準法改正により義務付け）への対応もスムーズに進められます。

GPS機能などを活用することで、直行している営業社員などが客先へ始業時間に合わせて訪問しているかなどを把握できる点も大きなメリットです。勤怠管理の効率化は、働き方改革の推進にも直結し、企業全体の競争力強化にも寄与します。

勤怠管理システムを中小企業が導入する時の注意点

中小企業にとって、勤怠管理システムの導入は多くのメリットをもたらす一方で、導入にあたっては注意すべき点もあります。ここでは、導入時の失敗を避け、導入後に社内でスムーズに運用していくために押さえておきたい注意点を解説します。

学習コストがかかる場合がある

新しいシステムを導入する際には、初期段階で一定の学習コストが発生することを想定しておく必要があります。

勤怠管理システムは、管理者や導入担当者だけでなく、打刻や申請を行う従業員全員が使用するため、慣れるまでに時間がかかることを念頭に置きましょう。特に、ITスキルに不安がある従業員がいる場合は、操作研修やサポート体制を充実させる必要がある点にも注意が必要です。

また、導入直後は、操作に不慣れな従業員による入力ミスや問い合わせが増える可能性があるため、あらかじめ対応を想定しておくことが重要です。

さらに、導入初期にはいくつか注意すべき点があります。
まず、打刻方法が新しくなることで、従業員が慣れるまで適正な打刻データを収集できない場合があります。ミスを防ぐためにも、初期段階では入力内容を定期的に確認し、必要に応じてフォローを行うことが重要です。

また、勤怠管理システムの初期設定作業も大きな負担となる可能性があります。従業員ごとの就業パターンや勤務ルールなどを細かく設定する必要があり、これには業務知識とシステムに関する知見の両方が求められます。自社内で対応する場合は、適任者の確保が不可欠であり、外部に設定を依頼する場合は追加の費用が発生する点にも注意が必要です。

すべての就業規則には対応できない場合がある

勤怠管理システムは汎用性が高く、多くの企業に対応できるよう設計されていますが、どのシステムでも自社の就業規則や管理体制に完全にフィットするとは限りません。そのため、導入前に自社の就業規則のうち、シフト制や変形労働時間制を導入しているなどの勤怠ルールにおける重要なポイントを洗い出し、導入候補のシステムがそれらに対応できるかどうかを確認しましょう。

また、カスタマイズによって対応可能な点や、自社の運用をシステムに合わせた方が合理的な場合もあることを考慮すると、導入がスムーズに進みます。さらに、フレックスタイム制や変形労働時間制など、柔軟な働き方を導入している場合は、そうした機能を持つシステムを選ぶようにしましょう。

使用中の給与計算システムなどと連携できない場合がある

現在使用している給与計算システムや人事管理システムとの連携が可能かどうかも、選定するうえで重要なチェックポイントです。

一般的には、API連携やCSVエクスポートといった方法で連携されるため、これらに着目しながら検討しましょう。連携ができない場合、手作業でのデータ移行が必要になり、せっかくの業務効率化が相殺されてしまう恐れがあります。もし既存の給与システムに不満が多い場合や、古くて連携が難しい場合は、給与計算システムと勤怠管理システムをセットで見直すことも検討してください。

中小企業向け勤怠管理システムの選び方

勤怠管理システムを導入する際、以下のポイントを押さえておくことで、スムーズな選定が可能になり、導入ミスを防ぐことにもつながります。

1. クラウドタイプとインストールタイプを比較する

クラウドタイプ（クラウド型）は、サーバーの購入と維持メンテナンスの費用が不要なため初期コストを抑えやすく、常に最新の状態で使用できるのが特徴です。提供元によるメンテナンスや法改正への対応も自動で行われるため、安心して運用できます。ただし、月額または年額料金がかかるため、ランニングコストは事前に把握しておきましょう。

それに対して、インストールタイプ（オンプレミス型）は自社サーバーにシステムを構築するため、インターネットを介さずに使用できる点や、自社内でのデータ管理ができる点に優れています。初期費用は高めですが、長期的にはコストが抑えられる場合もあるため、長期的視点での比較が重要です。

両者にはそれぞれメリット・デメリットがあるため、自社の運用状況や将来的な展望を踏まえて選定することが大切です。

2. 必要な機能があるかを比較する

勤怠管理システムは、各社のシステムや料金プランによって利用できる機能が異なります。導入にあたっては、自社にとって必要不可欠な機能が備わっているかを確認することが重要です。

例えば、出退勤管理、残業管理、休暇申請、シフト作成、労働時間の集計などは基本的な機能です。また、チャットツールとの連携やスマホアプリによる打刻、出張時の位置情報（GPS）による打刻、なりすまし防止のための生体認証など、便利な機能が備わった製品もあります。将来的な業務拡大や働き方の多様化も視野に入れ、柔軟性の高いシステムを選ぶこともおすすめです。

3. 打刻方法を確認する

勤怠管理において、どのような方法で打刻を行うのかは非常に重要なポイントです。

スマートフォン、パソコン、タブレットなど、さまざまな端末から打刻できるシステムがあり、また、オフィス勤務はもちろん、リモートワークや直行直帰といった多様な就業形態にも対応できます。さらに、ICカードや静脈認証を使った本人確認機能や、GPSによる打刻場所の確認機能が搭載されているものもあります。自社の業務スタイルやセキュリティ方針に応じて、適した打刻方法を選びましょう。

例えば、直行直帰の多い営業社員にはスマートフォンでの打刻が便利で、製造現場のように全員が同じ場所で勤務するような職種では、ICカードでの打刻が効率的かつ確実です。

4. サポート内容を確認する

新しいシステムの導入時には、どれだけ事前準備をしていても、運用開始後に不明点やトラブルが発生する可能性があります。勤怠管理は日常的に使うものなので、問題をすぐに解決できる体制が重要です。そのため、導入時のサポートが手厚いか、導入後の問い合わせ対応が迅速か、対応時間帯が十分かどうかなど、サポート体制の充実度を事前にチェックしておきましょう。

5. 従業員が使いやすいシステムを選ぶ

勤怠管理システムは従業員全員が日々使用するものです。そのため、操作がわかりやすく、だれでも直感的に扱えるシステムであることが重要です。特に、年齢やITスキルにかかわらず使いやすいデザイン・操作画面であるかを確認しましょう。

また、業務形態に応じて必要な機能が選べるかどうかもチェックポイントです。例えば、直行直帰が多い業務形態であれば、外出先から打刻できる機能は非常に重要です。

6. 給与計算システムなど既存システムとの連携を確認する

勤怠管理システムを導入する際には、既に導入済みの給与計算システムや人事・会計ソフトとの連携が可能かどうかも確認しましょう。連携がスムーズであれば、データ入力の手間が省け、業務効率化が図れます。それに対して、連携できない場合は二重入力が発生することもあり、作業工数やミスのリスクが増える可能性があります。既存のシステムとの相性を考慮した選定が肝心です。

自社に最適な勤怠管理システムを導入しよう

勤怠管理システムを導入することで、業務の効率化やコスト削減に加え、法改正への対応や多様な働き方への柔軟な対応も可能になります。しかし、導入にあたっては学習コストの発生や、自社独自の運用ルールに対応できない可能性がある点に注意が必要です。

システムを選定する際には、必要な機能が備わっているか、操作性に問題がないかをしっかり確認しましょう。例えば、従業員が直感的に打刻や申請を行えるか、管理者が複雑な設定なしに利用できるか、データの抽出やレポート作成が簡単に行えるかなどが挙げられます。使いにくいシステムでは、かえって業務効率が低下したり、従業員からの問い合わせが増えたりする可能性があります。また、打刻方法やサポート体制、既存のシステムとの連携可否も重要なポイントです。

「弥生給与 Next」の勤怠管理機能(※)は、自社の就業規則に合わせた勤怠管理ができるため、システム導入のために就業規則を変更する必要がなく、スムーズに導入できます。また、勤怠データは給与計算時に自動連携されるので手計算や転記による計算ミスの不安から解放されます。自社に合ったツールを活用して業務の効率化を目指しましょう。

• ※ご契約のプランによって利用できる機能が異なります。

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この記事の監修者税理士法人古田土会計
社会保険労務士法人古田土人事労務

中小企業を経営する上で代表的なお悩みを「魅せる会計事務所グループ」として自ら実践してきた経験と、約3,000社の指導実績で培ったノウハウでお手伝いさせて頂いております。
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