年末調整の還付金はいつ戻す？戻す際のポイント・還付金が発生しない人を解説

監修者： 税理士法人古田土会計 社会保険労務士法人古田土人事労務

2024/10/29更新

企業が毎年取り組む大切な業務の1つが年末調整です。年末調整では、従業員の正確な所得税の額を算出し、納税の過不足を調整しなくてはなりません。

本記事では、年末調整業務の担当者へ向けて、還付金を返還するタイミングや業務を速やかに遂行するポイントなどを解説します。

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年末調整の還付金はいつ戻る？

年末調整の還付金は、12月の給与と同時に従業員へ返還するケースが多いでしょう。ただし、年末調整の還付金を戻さなければならない日が決まっているわけではないため、1月の給与のときに精算したり、給与とは別に現金で支給したりするケースもあります。

還付金をいつ返還するのか、どのような方法で調整するのかについては、企業によって異なります。なお、年末調整の還付金を精算したあとは、給与明細に金額を明記することがほとんどです。

年末調整の還付金を戻す方法

年末調整の還付金を戻す方法は、下表のとおりです。

還付金をどのような方法で還付するのかについては法律で決まってはおらず、各企業の規程に委ねられています。

年末調整の還付金を支払う際のポイント

還付金の算出には、従業員からさまざまな書類を提出してもらう必要があります。また、従業員によっては還付ではなく追徴が発生する可能性もあるため、担当者はスムーズに対応できるよう知識を身に付けておきましょう。

還付金を支払う際のポイントは、以下の5つです。

• 控除を証明する書類を保管しておく
• 還付と追加徴収の違いを説明できるようにする
• 年末調整の申請書類を正確に書く
• 年末調整を忘れずに行う
• 給与明細を確認する

控除を証明する書類を保管しておく

年末調整で還付金が発生するかどうかには、控除額が大きく影響します。控除額が多くなるほど還付金の額も増えるため、控除を証明する書類の保管が重要です。控除を行うために必要な控除証明書は、以下のとおりです。

• 生命保険料控除証明書
• 地震保険料控除証明書
• 社会保険料控除証明書
• 小規模企業共済等掛金控除証明書

生命保険料控除証明書・地震保険料控除証明書などは、払込先から取得してもらいます。また、従業員が生計を一にする配偶者や親族の国民年金を代わりに払った場合も控除を行えます。従業員が自分以外の社会保険料を払ったのであれば、社会保険料の控除証明書も忘れずに取得しておいてもらいましょう。

還付と追徴の違いを説明できるようにする

年末調整をした結果、還付ではなく追加徴収が発生する可能性があります。

年末調整とは、源泉徴収した税額の年間の合計額と、本来納付すべき正しい年税額を一致させる精算手続きです。

本来納付すべき所得税を計算した結果、源泉徴収した税額の年間の合計額よりも、本来納付すべき年税額の方が少ない場合は還付金が発生します。しかし、源泉徴収した税額の年間の合計額よりも、本来納付すべき税額の方が多くなると、追加徴収が発生します。追加徴収が発生すると、給与から差額を徴収する必要があるため、従業員に説明を求められたときは的確に答えられるようにしておきましょう。

年末調整の申請書類を正確に書く

年末調整の申告書類は内容が正しく記載されていないと、税金の計算が行えません。還付金を算出するためには控除を正確に申告することが必要です。控除を過少に申告すると還付金が少なくなり、過大に申告した場合、後日適正額への是正を勧奨されることが一般的です。ただし、正当な理由がない場合には、罰則の対象となることもあります。そのため、控除に必要な証明書はしっかりと保管しておいてもらいましょう。

なお、2024年分の年末調整には以下のような変更点があるため注意が必要です。

• 1
  定額減税による「年調減税」の発生
  

  2024年に実施される定額減税により、年末調整時に減税が適用される場合があります。詳細については関連記事を参照ください。

  年末調整時の定額減税（年調減税）とは? 手順や注意点を解説

• 2
  国外居住親族への「送金関係書類」の追加
  

  国外居住の扶養親族に対する扶養控除申請時に、送金関係書類として「電子決済手段（ステーブルコインなど）の移転による支払いを証明する書類」が追加されました。

• 3
  「給与所得者の保険料控除申告書」の簡素化
  

  「給与所得者の保険料控除申告書」では、続柄の記載欄が削除され、より簡素な形式になります。

• 4
  「住宅ローン控除における借入金残高証明書」の手続き方式の変更
  

  住宅ローン控除の証明書提出方法が「証明書方式」から「調書方式」に変更されます。

• 5
  「給与所得者の扶養控除等申告書」の記載内容の簡素化
  

  扶養控除等申告書では、前年の内容と変更がない場合、「変更がない」という記載のみで提出できるようになります。

年末調整の書き方の変更点について詳しく知りたい方は、こちらの記事を参考にしてください。

• 年末調整の変更ポイント

年末調整を適切に行う

年末調整は給与支払者の義務であり、期限内に行うことが求められます。期限を守って税務署への手続きを適切に行わないと、従業員に還付金を返還できなくなる可能性もあります。

年末調整の手続きは、翌年1月31日までとされています。しかし、この期日は会社が税務署に年末調整書類を提出する期限であり、従業員の手続きの期日はもう少し早くなることに注意しましょう。早めに書類を提出してもらうよう、従業員への周知が必須です。

なお、年末調整の期限を過ぎた場合、確定申告で修正できます。確定申告の時期は2月16日〜3月15日（2025年は2月17日～3月17日）なので、必要に応じて従業員へ手続きを促しましょう。ただし還付申告の場合は、年明けすぐに手続き可能です。

給与明細を確認する

企業によって異なるものの、年末調整の還付金は12月、もしくは1月の給与と一緒に返還するケースが多くを占めます。従業員が受け取る還付金額は、給与明細に記載するため、担当者は漏れなく確認しましょう。

なお、源泉徴収票には従業員に返金する還付金額は記載されていません。源泉徴収票は、従業員が1年で得た給与収入や控除額、納付した所得税額などの情報を記載する書類です。還付金として戻る金額を知りたいと考えた従業員が、源泉徴収票に金額が記載されていないことを不思議に感じ、担当者へ質問してくるケースも少なくありません。質問されたとき適切に回答できるよう覚えておきましょう。

なお、源泉徴収票の詳しい見方についてこちらの記事で解説しています。

• 年末調整前後の源泉徴収票の見方は？提出が必要なケースやしないリスクを解説

年末調整で還付金が発生する主な控除

年末調整による還付金の金額は、適用される控除の額が多いほどに増えます。主な所得控除の種類は以下のとおりです。

• 配偶者控除・配偶者特別控除
• 保険料等控除
• 社会保険料控除
• iDeCoや確定拠出型年金などの小規模企業共済等掛金控除
• 障害者控除
• 寡婦控除
• ひとり親控除

すべての所得控除には適用条件が設けられており、誰でも控除を受けられるわけではありません。企業の担当者は、従業員から控除の対象となるかどうか質問される可能性があるため、適用条件を理解しておきましょう。

また、住宅ローン控除は税額控除に該当しますので、所得控除とは別に考える必要があります。他にも、寄附金控除や医療費控除などの控除もありますが、これらは年末調整では適用できません。

配偶者控除・配偶者特別控除

結婚し家族が増えた従業員は、配偶者控除の対象です。ただ、従業員の年間における合計所得が1,000万円以下であることが条件です。また他にも、配偶者の合計所得は48万円まで、正式に入籍している、同じ生計のもと生活しているなどの条件が定められています。

控除額は、納税者本人の合計所得が900万円以下なら38万円、900万円超950万円以下なら26万円、950万円超1,000万円以下なら13万円です。

配偶者特別控除は、配偶者控除の適用を受けられないケースにおいて利用できる控除です。配偶者の年間所得が48万円以上で、配偶者控除を受けられないときに利用できます。納税者本人の年間合計所得と、配偶者の合計所得によって、受けられる控除の額が変化します。

保険料等控除

従業員が個人で民間保険に加入している場合、控除を受けられる可能性があります。対象となるのは、生命保険や個人年金保険、介護医療保険（下記の新制度の場合に限る）に加入している方、地震保険料を支払っている方などです。

生命保険料控除は、契約した時期によって控除額の上限が変わります。2012年1月1日以降に契約した場合は新制度、それ以前の契約であれば旧制度が適用されます。以下に旧制度と新制度での所得税、住民税それぞれの控除額を整理しました。

旧制度

所得税

※10万円が限度

住民税

新制度

所得税

※12万円が限度

住民税

新制度で生命保険（一般生命保険料控除の対象となるもの）に加入しており、年間12万円の保険料を支払ったケースで、税金の額をシミュレーションしてみましょう。

年間払込保険料が8万円を超えている場合、所得税の一般生命保険料控除額の上限は一律4万円であり、課税所得から4万円が差し引かれます。仮に所得税率が10%だとすると、税負担は年間で4,000円軽減されます。

住民税の場合、年間払込保険料が5万6,000円を超えていれば課税所得から2万8,000円が差し引かれます。住民税率は全国一律10%ですので、税負担が年間で2,800円軽減されます。

社会保険料控除

社会保険料控除とは、健康保険や厚生年金保険などの社会保険として支払った金額を所得控除できる制度です。社会保険料控除の控除額は、支払った社会保険料全額分です。

従業員本人が支払った社会保険料だけでなく、生計を一にする配偶者や親族の国民年金を払った場合でも社会保険料控除を受けられます。従業員が払った社会保険料は給与明細で確認してもらえます。その配偶者が支払った社会保険料は社会保険料控除証明書を取得し確認してもらいましょう。ただし添付が義務付けられているのは、国民年金のみです。なお、社会保険料控除証明書は年金ネットやねんきん加入ダイヤル、年金事務所での取得が可能です。

iDeCoや確定拠出型年金などの小規模企業共済等掛金控除

小規模企業共済等掛金控除とは、小規模企業共済法の規定に基づく掛金を支払った場合に利用できる制度です。小規模企業共済法の規定に基づく掛金に該当するものは、以下のとおりです。

• 小規模企業共済法の規定によって独立行政法人中小企業基盤整備機構と結んだ共済契約の掛金
• 確定拠出年金法に規定する企業型年金加入者掛金または個人型年金加入者掛金
• 地方公共団体が実施する、いわゆる心身障害者扶養共済制度の掛金

これらの掛金を支払った場合、その年の払込金額が全額、小規模企業共済等掛金控除の対象になります。

住宅ローン控除

住宅ローン控除とは、年末の住宅ローン残高の0.7%を最大13年間にわたって控除できる制度です。住宅ローン控除の正式名称は、住宅借入金等特別控除といいます。

住宅ローン控除は購入・新築する住宅の内容や、入居する時期によって控除される金額が変わります。なお、現行の住宅ローン控除の年間最大控除額は35万円です（5,000万円×0.7%）。また、住宅ローン控除の適用を受けるには2024年の年末までに購入・建築した自宅に入居しなければならない点に注意しましょう。なお、入居年分は確定申告をする必要があります。

障害者控除

障害者控除とは納税者自身や同一生計配偶者、扶養親族が所得税法上の障害者に当てはまるときに受けられる控除です。障害者控除で受けられる控除額は、下表のとおりです。

寡婦控除

寡婦控除は、夫と離婚や死別した女性従業員が利用できる控除です。利用できるのは戸籍上の女性のみであり、ひとり親に当たらず、合計所得金額が500万円以下の者で、以下のいずれかの条件を満たしている場合です。

① 離婚後に再婚しておらず、扶養親族がいる
➁ 死別後に再婚していないか、もしくは夫の生死が不明である

寡婦控除の所得控除額は、所得税が27万円、住民税が26万円です。所得税であれば、課税所得から27万円が控除されます。その結果、所得税の税率が5％となる場合、控除額の27万円に税率5％をかけあわせた、1万3,500円が所得税から減額されます。

寡婦控除を利用できる従業員がいると判明しているのであれば、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の「障害者、寡婦、ひとり親又は勤労学生」の欄にある「寡婦」のチェックボックスにチェックを入れてもらった後、提出してもらいましょう。なお、提出期限は当年の初めに給与支払を受ける日の前日までとされています。提出後に申告内容が変わった場合は改めて申告書を出す必要がありますが、この提出期限も同様です。

ひとり親控除

ひとり親控除は、生計を一にする子を持つひとり親に適用できる制度であり、2020年に新しく創設されました。当該控除は、子供がいるひとり親であれば、性別や過去の婚姻歴などを問わず利用でき、一律35万円の控除を受けられます。なお、この場合の子供は当年分の総所得金額が48万円以下でなければならず、またひとり親には合計所得金額が500万円以下という所得要件が存在します。

ただし、婚姻歴は問わないものの、内縁関係にある人がいる、事実婚であると認められる相手がいるといったケースでは対象外です。また、子供以外の親や孫などの扶養家族にも制度は適用されません。

年末調整の還付金の計算方法

年末調整の還付金を計算するときの一般的な流れは、以下のとおりです。

• 1
  必要書類の準備
• 2
  年間の給与所得額を算出
• 3
  課税所得額を計算して所得税を計算
• 4
  所得税と源泉徴収額の差額から還付金を計算する
• 5
  所得税額から1年間で天引きされた源泉徴収額を差し引く

なお、2024年においては、3の段階で定額減税が実施されます。詳しくは国税庁のホームページでご確認ください。

還付金の計算に必要なのは、扶養控除等（異動）申告書や控除証明書、住宅借入金等特別控除申告書などです。これらを漏れなく回収し、課税所得額から納税すべき所得税を計算しましょう。所得税額が確定したら、1年にわたり徴収してきた源泉徴収税額を差し引き、従業員に返還する還付金を算出します。

還付金の詳しい計算方法やシミュレーションについては、こちらの記事で解説しています。

• 【年収別】年末調整の還付金早見表｜いくら戻るかの計算方法や必要書類を解説

年末調整で還付金が発生しない人

年末調整を行わない人は、年末調整による還付金が発生しません。具体的には以下のとおりです。

・12月31日までに退職をした人
・確定申告をする必要がある人
・給与所得者の扶養控除等（異動）申告書が未提出な人

これらに該当する場合、どのように対処するのかを解説します。

12月31日までに退職をした人

年末調整は、1月1日から12月31日まで在籍している従業員を対象に行われます。そのため、年の途中で退職してしまった場合は年末調整の対象外です。ただし、転職した場合、タイミングによっては転職先の会社で年末調整が受けられます。

退職した、もしくは転職先の会社で年末調整を受けられない従業員には、確定申告をすることで還付金が戻ってくる可能性があることを伝えるとよいでしょう。

確定申告をする必要がある人

以下の要件に該当し、確定申告の必要性がある方は年末調整による還付の対象外です。

• 1年間の給与の合計が2,000万円を超える場合
• 災害減免法によって源泉所得税・復興特別所得税の徴収猶予・還付を受けている場合
• 副業やダブルワークなどで2か所以上の勤務先から給与収入を得ており、自社以外の勤務先に給与所得者の扶養控除等（異動）申告書を提出している場合
• 年の中途で退職し、再就職していない場合

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書を未提出の人

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書は、年末調整業務に必須な書類の一種です。控除額の計算に不可欠であるため、未提出のままでは正確な還付額算出および返還はできません。

申告書の提出期限は、当年の初めの給与支給日の前日までとされています。もし給与所得者の扶養控除等（異動）申告書を出し忘れてしまった従業員がいた場合、毎月の給与からの源泉徴収は乙欄で計算され、通常より多く源泉徴収されます。その後、確定申告で各控除を申告してもらいましょう。

年末調整で還付金がいつ戻るのかに関してよくある質問

年末調整で還付金がいつ戻るのかに関してよくある質問を2つ紹介します。

年末調整の還付金は12月の給与で戻ることが多い

年末調整の還付金は、12月か1月の給与明細に金額を記載するため、従業員から質問された際にはその旨を回答しましょう。従業員が受け取る還付金の金額は、適用する控除の額によって大きく変わるため、必要に応じて説明を行うことも大切です。また、スムーズに年末調整業務を進めるため、必要書類は漏れなく速やかに回収しましょう。

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• ※2024年9月時点の情報を基に執筆しています。

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この記事の監修者税理士法人古田土会計
社会保険労務士法人古田土人事労務

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