マイナポータル連携で確定申告が楽になる！メリットや利用方法

監修者： 齋藤一生（税理士）

2025/12/26更新

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確定申告では、マイナンバーカードを使ったマイナポータル連携により、申告に必要なデータの多くを自動取得できます。書類を集める手間を減らし、入力ミスを防げることがメリットです。

本記事では、確定申告で利用できるマイナポータル連携のメリット、自動取得できるデータについて解説します。必要な事前準備やデータを取得する方法も紹介しますので、参考にしてください。

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確定申告で利用できるマイナポータル連携とは？

e-Taxでの確定申告では、申告書の作成にかかる手間を削減できるマイナポータル連携が利用できます。

ここでは、マイナポータルの概要や、連携によりできることをみていきます。

マイナポータルとは

マイナポータルとは、個人向け行政サービスのオンライン窓口のことです。マイナンバーカードを利用して、次のような行政サービスを利用できます。

マイナポータルでは、自治体が提供している行政手続きの検索や、オンライン申請ができます。

また、行政機関などが持っている自身の特定個人情報の確認も可能です。情報提供ネットワークシステムにより、住民情報のやり取りの履歴も確認できます。

さらに、各行政機関やe-Tax、民間サービスなどの外部サイトを登録することで、詳細な情報を取得可能です。

マイナポータル連携でできること

マイナポータル連携は、確定申告の際の手間を軽減できる機能です。マイナンバーカードを利用して確定申告をする際に、マイナポータルから必要な各種証明書等のデータを一括取得し、申告書の該当項目へ自動入力ができます。

マイナポータル連携を利用して確定申告をできるのは、次の人です。

マイナポータル連携による確定申告は、国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」による申告で利用できます。

マイナポータル連携での連携先

マイナポータルでは、さまざまな外部サイトと連携可能です。提携先は公的機関と民間が運営するWebサイトがあります。マイナポータルでの提携先は以下のとおりです。

マイナポータル連携は、確定申告で利用できるだけでなく、離職票の受取や情報の閲覧など、さまざまな場面で利用できます。

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マイナポータル連携で自動入力できる情報

マイナポータル連携の対象となるデータは、収入関係と控除関係に分けられます。

収入関係

収入関係の書類でマイナポータル連携の対象になるのは、以下の情報です。

なお、給与所得の源泉徴収票を自動取得するには、「勤務先（給与の支払者）が税務署にe-Taxなどで給与所得の源泉徴収票を提出していること」などの条件があります。

控除関係

控除関係で連携対象となる情報は、以下のとおりです。

マイナポータル連携により控除証明書等のデータを取得するには、控除証明書の発行主体がマイナポータル連携に対応していることが必要です。

また、取得できるデータは確定申告に必要なものの一部である場合もあります。例えば、医療費控除で必要な保険適用外の医療費などは取得できないため、別途領収書などをもとに追記が必要なものもあります。

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確定申告のマイナポータル連携で揃えるもの

マイナポータル連携をするためには、マイナンバーカードとパスワード、マイナンバーカード読取対応のスマホ（またはICカードリーダライタ）が必要です。

ここでは、マイナポータル連携の利用で事前に揃える必要があるものを紹介します。

マイナンバーカードとパスワード

マイナポータル連携を利用するためには、マイナンバーカードと、2つの電子証明書のパスワードが必要です。

電子証明書とは、信頼できる第三者（認証局）が発行し、本人であることを電子的に証明する身分証明書です。書面取引における印鑑証明書に相当するものといえるでしょう。

マイナンバーカードには、次の2つの電子証明書が格納されています。

マイナンバーカードには、次のような理由で電子証明書が格納されていない場合があります。

このような場合、住民票のある役所の窓口で申請すれば、電子証明書の発行・再発行を受けられます。

マイナンバーカードの読取機能のあるスマホ

マイナポータル連携には、マイナンバーカード読取対応のスマホ（またはICカードリーダ／ライタ）が必要です。

マイナポータルアプリに対応しているスマホ等は、マイナポータルのサイトに掲載されています。

また、記載されている通信事業者以外の携帯電話回線や、公衆無線LAN（Wi-Fi）環境であっても、データ通信が正常に行える状態であれば利用が可能です。

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確定申告のマイナポータル連携に必要な事前準備

マイナポータル連携は、パソコンやスマホから利用できます。マイナンバーカードの発行や証明書等のデータを自動入力できるようになるまでには一定の時間がかかるため、準備は早めに開始しましょう。

事前準備について、順を追って解説します。

1.マイナポータルで利用者登録をする

まず、マイナポータルの利用者登録が必要です。スマホまたはパソコンで「マイナポータル」にアクセスし、画面の案内に沿って、マイナポータルの利用者登録を行います。

登録手続きが完了すると、マイナポータルにログインできるようになります。スマホでログインする場合、利用者証明用電子証明書の4桁のパスワードを入力し、スマホの裏面にマイナンバーカードをかざして読み取る方法でログインが可能です。

2.「確定申告の事前準備」ページで取得したい証明書等を選択する

ログイン後、「確定申告の事前準備」ページにアクセスします。

ここでは、生命保険料控除証明書、医療費の情報、住宅ローン控除関係書類など、自動取得を希望する証明書等の種類や発行元を選びます。

3.マイナポータルとe-Tax・民間送達サービス・ねんきんネットを連携する

マイナポータルとe-Taxを連携したあと、取得したい証明書等の種類に応じて民間送達サービスやねんきんネットと連携します。各外部サイトとの連携では、サイトごとにマイナンバーカードによる本人確認が必要です。

連携手続きは、マイナポータルの「外部サイトとの連携」から行います。マイナポータルと外部Webサイトをつなぐことで、マイナポータルからスムーズにログインができ、外部サイトの機能の利用やお知らせの確認ができるようになります。

マイナンバーカードによる本人確認を行い、連携先サービスを選択して承認すれば設定完了です。連携後は、確定申告書等作成コーナーで自動的に情報を呼び出せるようになります。

4.民間送達サービスと証明書等を発行する企業と連携する

民間送達サービスとは、インターネット上に自分専用のポストを作り、自分宛のメッセージやお知らせを受け取るためのサービスです。

マイナポータル上で民間送達サービスと連携し、さらに自分が契約している保険会社や金融機関を選択・承認することで、必要な証明書情報を自動取得できるようになります。

ここでは、次の2つの作業を行います。

証明書などを発行する企業や団体のサイトにアクセスし、電子交付サービスの利用登録や、交付への同意手続きを行います。その際、証券会社であれば口座番号や契約番号、寄附金控除の証明書であれば寄附番号など、各種情報の入力を求められることがあります。

申請内容の確認や承認の処理には一定の時間がかかり、登録完了まで数日を要するケースもあるため、余裕を持って手続きを行うことが大切です。

1の電子交付サービス等の登録が完了したら、民間送達サービスと証明書等を発行する企業とを連携します。

5.e-Taxのマイページで情報取得希望の登録をする

給与所得の源泉徴収票情報等を受け取るための手続きです。情報を確定申告書に自動入力するためには、e-Taxのマイページで登録の手続きが必要です。

e-Taxのマイページにアクセスし、「本人確認／情報取得希望」の画面で以下の操作を行います。

最後に、「証明書等の取得」画面で、取得を希望する証明書等のステータス表示が「完了」となっていることを確認してください。

「完了」と表示されていれば、マイナポータル連携で証明書等の情報を自動取得できるようになります。

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マイナポータル連携でデータを取得する方法

マイナポータル連携でデータを自動取得する方法について、国税庁 確定申告書等作成コーナーで確定申告を行う場合を例にして紹介します。

手順は、以下のとおりです。

取得したデータが反映されたら、金額や内容を確認しましょう。

マイナポータル連携では確定申告に必要なデータの一部しか取得できません。欠けているデータは追加入力などで補う必要があります。不足分や訂正が必要な項目があれば、手動で入力・修正してください。

これを忘れると所得控除などの計上漏れが生じ、税金の計算で不利になるため、注意が必要です。

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確定申告でマイナポータル連携を利用するメリット

マイナポータルとの連携を活用すると、確定申告にかかる手間や作業量を削減できます。ここでは、連携により得られる利点を解説します。

書類を集める手間が省ける

確定申告でマイナポータル連携を利用すると、生命保険料控除証明書や医療費通知などのデータを自動で取得できるため、紙の書類を集める手間が省けます。そのため、従来と比べて短時間で確定申告を完了できます。

ただし、すべてのデータを取得できるわけではなく、取得できないデータについては追加入力などで補う必要がある点に注意が必要です。

一例として、医療費は通院にかかる交通費や自由診療の医療費が取得できません。ふるさと納税や生命保険料控除は、自治体や保険会社により対応が異なります。

また、社会保険料控除で自動取得できるのは、「国民年金」の保険料、「国民年金基金」の掛金のみです。自営業者が支払う「国民健康保険」や会社員などが支払う「健康保険・厚生年金」の保険料は、追加入力が必要になります。

源泉徴収票情報が自動取得される場合は、それに含まれる健康保険・厚生年金の情報も自動取得される可能性がありますが、入力の最後にデータが取り込まれているかは必ず確認しておきましょう。

確定申告書に情報が自動入力される

マイナポータルで取得したデータは確定申告書にそのまま反映されるため、転記による入力ミスを防げることがメリットです。

ただし、前述のとおり、マイナポータル連携では取得できないデータもあるため、追記する分がある場合は注意しなければなりません。

追加記載が必要かどうかは、以下の方法で確認できます。

e-Taxの入力画面にはマイナポータル連携で取り込んだデータが一覧表示されるため、表示されない控除・所得は「未取得」と判断できます。

また、国税庁のサイトでは「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」が公表されているため、こちらの対象外の場合は手入力が必要です。

書類の管理・保管が不要になる

連携を利用しない場合、各所から個別に書類を取得するため、どの書類をどこで発行してもらえるのか確認が必要であり、保管にも手間がかかります。税務署の調査があった場合、保管の有無や申告書に記載された通りの書類かどうかなどをチェックされるため、しっかり保管しておかなければなりません。

マイナポータル連携では税金関係の書類をオンラインで取得でき、一括して確定申告書に反映できるため、書類の管理・保管の必要がありません。

ただし、マイナポータルで入手する書類は、後から確認が必要になる可能性を考慮し、該当する電子データを念のため保存しておくとよいでしょう。

確定申告書をe-Taxで送信できる

マイナポータル連携で取得した各種控除証明書や医療費などの情報は、自動的にe-Taxの申告画面に反映されます。

これにより、スムーズにe-Taxで申告手続きを進められます。書面を印刷して提出する必要がなくなり、すべてオンライン上でデータ送信と提出を完結できることがメリットです。

e-Taxによる確定申告は、以下の記事で説明しています。

• e-Tax（イータックス）での確定申告のやり方とは？事前準備や申告の流れを解説

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マイナポータル連携で確定申告の手間を省こう

確定申告でマイナポータル連携を利用すると、所得や各種控除に関する証明書などの必要情報を自動取得でき、紙の書類を集める手間を省けます。

入力作業を軽減でき、従来と比べ短時間での申告が可能です。また、情報はe-Taxに直接反映されるため、書面での提出が不要になり、オンラインで申告を完結できることもメリットです。

ただし、すべての情報を自動取得できるわけではなく、反映されない情報は追加で手入力をしなければなりません。取得できない情報についてのチェックは忘れないようにしましょう。確定申告に慣れていない方は、何の情報がもれているのかも気が付けない可能性があるので、必ず一度は「所得税及び復興特別所得税の手引き」を読んで、必要な情報に関して確認しておきましょう。

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この記事の監修者齋藤一生（税理士）

東京税理士会渋谷支部所属。1981年、神奈川県厚木市生まれ。明治大学商学部卒。

決算書作成、確定申告から、起業（独立開業・会社設立）、創業融資(制度融資など)、税務調査までサポート。特に副業関連の税務相談を得意としており、副業の確定申告、税金について解説した「副業起業塾 」も運営しています。

税理士事務所センチュリーパートナーズ