インボイス制度によるクリニックへの影響を解説｜予防接種や診察はどうなる？

2024/01/23更新

クリニックはインボイス制度に対応する必要があるのか、悩んでいる方もいるのではないでしょうか。保険診療は消費税の非課税取引のため影響を受けない一方、事業者（買手側）との契約による健康診断や予防接種はインボイス制度の対象となります。ここではインボイス制度導入によるクリニックへの影響について、具体例を交えて解説します。

インボイス制度とは？

インボイス（適格請求書、以下インボイスで統一）とは、一定の記載要件を満たした請求書や領収書などを指します。現行の区分記載請求書等保存方式に基づく請求書や領収書に追記が必要な情報は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の登録番号
• 税率ごとに区分した合計額および適用税率（税抜もしくは税込）
• 税率ごとに合計した消費税額等

インボイス制度導入の目的は、事業者が行う取引における消費税率と消費税額を正しく計算することです。商品やサービスを提供する事業者（売手側）は、インボイス制度のしくみや影響についてよく理解したうえで、どのように対応するか検討しなければなりません。

インボイス制度の基本的なしくみについて、こちらの記事で解説しています。

• インボイス制度とは？対象者や目的、対応方法をわかりやすく簡単に図解で解説

インボイス制度は2023年（令和5年）10月1日から導入されました。2023年12月時点において登録完了の通知を受け取れるまでにかかる期間の目安は、以下のとおりです。

• e-Taxによる提出：約1か月
• 書面による提出：約1.5か月

• ※国税庁「適格請求書発行事業者の登録件数及び登録通知時期の目安について」

インボイス制度の開始にあわせて知っておきたい消費税の知識について、こちらの記事で解説しています。

• 個人事業主の消費税、いつから払う？納税義務と免除要件、税額の計算方法

免税事業者と課税事業者の違い

免税事業者と課税事業者には、以下のような違いがあります。

基準期間・特定期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者は「免税事業者」です。一方、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える事業者は「課税事業者」となります。課税事業者は消費税の確定申告と納税が必要となるため、金銭的なコストや事務作業の負担が増加します。

クリニックはインボイス制度への対応が必要なのか？

インボイス制度への対応は、買手側との取引状況や患者の属性を踏まえて慎重に検討しましょう。インボイス制度は、事業者が行う取引における消費税率と消費税額の正確な把握を目的としています。適格請求書発行事業者への登録は任意とされており、免税事業者のままでも事業は継続できます。

インボイス制度はクリニックにどのような影響がある？

インボイス制度がクリニックに与える影響は、主に以下の3つです。

• インボイスを交付する場合は適格請求書発行事業者への登録が必要
• 免税事業者のクリニック（売手側）と取引すると事業者（買手側）は仕入税額控除ができない
• 開業したばかりでも適格請求書発行事業者には納税義務が発生

それぞれ順番に解説します。

インボイスを交付する場合は適格請求書発行事業者への登録が必要

インボイスを交付できるのは「適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者」に限られます。未登録の事業者による交付は認められていません。適格請求書発行事業者の登録を受けるためには、申請書に必要事項を記入し、所定の方法で登録申請書を提出します。

適格請求書発行事業者への登録について、こちらの記事で詳しく解説しています。

• 適格請求書発行事業者とは？登録方法と申請書の提出先、期限について解説

免税事業者のクリニック（売手側）と取引すると事業者（買手側）は仕入税額控除ができない

免税事業者（売手側）と取引すると、事業者（買手側）は仕入税額控除の適用を受けられず納税額が増加します。免税事業者は制度導入後も事業を継続できる一方、事業者（買手側）から消費税分の取引金額の値下げを交渉される可能性があるでしょう。ただし、買手側の立場を利用した取引条件の変更は、独占禁止法に違反する恐れがあります。政府や関係機関は法令違反にあたる条件変更を持ちかけないよう買手側にアナウンスしています。

開業したばかりでも適格請求書発行事業者には納税義務が発生

開業したばかりのクリニックは、設立してから一定期間の消費税の納税が免除される可能性があります。例えば以下の条件を満たす事業者は、原則として設立1～2期目の消費税の納税が免除されます。

• 資本金1,000万円未満で新規の法人設立
• 資本金1,000万円未満で個人事業主から法人化

しかし、インボイス対応のために課税事業者になると、資本金にかかわらず設立1期目から納税が必要です。納税による経営資金への影響について、事前にシミュレーションしておきましょう。

クリニックが発行する領収書の変更点

領収書がインボイスの要件を満たすためには、記載内容の変更が必要です。インボイスの記載要件は以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者（売手側）の氏名または名称
• 登録番号
• 取引した年月日
• 取引の内容
• 税率ごとに区分して合計した金額および適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額など
• 書類の交付を受ける事業者（買手側）の氏名または名称

ただし、クリニックの売上は一般的に社会保険診療が多くの割合を占めるため、インボイス制度導入による影響は少ない可能性があります。

インボイス制度導入による領収書の変更点について、こちらの記事で詳しく解説しています。

• インボイス制度で領収書が変わる？発行側・受領側のポイントを解説

クリニック（個人事業主・医療法人）の仕事別にインボイス制度の影響を解説

クリニックの仕事には、以下のケースが想定されます。

• 個人の患者さんを診察し診療報酬を受領するケース
• 健康診断・予防接種を実施するケース
• 仕入れ先（売手側）から薬や医薬品を購入し請求書を受領するケース

インボイス制度の影響を仕事別に解説します。

個人の患者さんを診察し診療報酬を受領するケース

社会保険診療は消費税の非課税取引です。一般消費者の患者を診察し受け取る診療報酬は、インボイス制度の対象となる「事業者間取引」に含まれず、インボイス制度の影響を受けません。

健康診断・予防接種を実施するケース

一般消費者の患者に提供する健康診断や予防接種は、インボイス制度の影響を受けません。ただし事業者（買手側）から集団の健康診断や予防接種を依頼されるクリニックは注意しましょう。インボイスの交付を受けられない場合は税負担が増えるためです。インボイス制度への対応を検討する際は、クリニックの患者のうち事業者（買手側）の利用がどれくらいあるか理解しておくことが重要です。

仕入れ先（売手側）から薬や医薬品を購入し請求書を受領するケース

仕入れへの影響は、以下のように診療の目的によって異なります。

自由診療に必要な医薬品や医療機器の仕入れ先（売手側）が免税事業者の場合、クリニック（買手側）は仕入税額控除の適用を受けられず税負担が増えます。一方、保険診療は非課税取引に分類されるため、クリニックは仕入税額控除の適用を受けられません。保険診療のみを扱うクリニックであれば、仕入れ先（売手側）が免税事業者でも影響はないと考えられます。

産業医として事業者（買手側）の社員を診察するケース

医師個人が給与として受け取ったケースを除き、産業医報酬はインボイス制度の対象となります。クリニック（売手側）が免税事業者の場合、産業医を雇用する事業者（買手側）は仕入税額控除の適用を受けられません。

インボイス制度に関するクリニックの注意点

インボイス制度に関してクリニックが注意するべきポイントは、以下の3点です。

• 課税事業者になると消費税の納税が必要
• インボイス制度未対応のクリニックは顧客（買手側）から取引条件の見直しを求められる可能性あり
• 事務作業の手間が増加

それぞれ順番に見ていきましょう。

課税事業者になると消費税の納税が必要

適格請求書発行事業者の登録を受けられるのは、消費税の課税事業者のみです。インボイス制度に対応するため課税事業者になると、消費税の納税義務が発生します。免税事業者は今まで納めていなかった消費税分の税負担が増える点に注意が必要です。自身（自社）の納税額を事前に把握しておきましょう。

インボイス制度未対応のクリニックは顧客（買手側）から取引条件の見直しを求められる可能性あり

免税事業者のクリニック（売手側）は、顧客（買手側）から取引条件の見直しを求められる可能性があります。なぜならクリニック（売手側）が適格請求書発行事業者に登録していないと、事業者（買手側）は税負担が増えるデメリットがあるからです。事業者（買手側）が社員向けに実施する予防接種や健康診断の場合、クリニック（売手側）はインボイスの交付を求められるでしょう。事業者（買手側）との取引条件への影響を踏まえて、適格請求書発行事業者への登録を慎重に判断する必要があります。

事務作業の手間が増加

インボイス制度対応に伴う事務作業の煩雑化は、本来の業務を圧迫する要因になります。クリニック（売手側）はインボイス制度における事務手続きの変更点を理解しておくことが重要です。事務手続きの具体的な変更点は、以下のとおりです。

• 帳簿の作成方法
• 消費税の確定申告
• 売手側から受け取った請求書のインボイス対応をチェック

必要に応じて事務手続きを効率化できるツールの導入を検討しましょう。

クリニックがインボイス制度に対応する際によくある質問

自費診療の売上が1,000万円以下のクリニックでもインボイス制度対応は必要？

課税売上高1,000万円以下の事業者は原則として消費税が免除されるため、本来であれば消費税の納付義務はありません。しかし、インボイス制度対応を検討する際は事業者（買手側）との取引条件への影響を考慮する必要があります。

クリニックに適用されるインボイス制度の特例措置は？

「2割特例」の適用を受けることで、消費税の納税額を売上税額の2割にできます。2割特例を適用できる期間は、以下の範囲に属する各課税期間です。

• 開始：2023年（令和5年）10月1日
• 終了：2026年（令和8年）9月30日

事前申請や登録は必要なく、消費税の確定申告の際に適用を受ける旨を追記します。税負担の軽減につながるため、積極的に活用しましょう。

クリニックはインボイス制度による影響をしっかりと理解しよう

保険診療のみを扱うクリニックは、原則としてインボイス制度の影響を受けません。一方、事業者（買手側）から健康診断や予防接種を受注しているクリニック（売手側）は、どのような対応を求められるか確認が必要です。インボイス制度に対応するメリット・デメリットを比較して、自身（自社）の方針を慎重に検討しましょう。

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