インボイス制度、免税事業者はどうすべき？仕入税額控除と経過措置について

監修者：辻・本郷 税理士法人／辻・本郷 ITコンサルティング

2024/01/19更新

2023年10月1日より、「インボイス制度」が導入されました。インボイス制度は消費税の仕入税額控除に関わる制度ですが、消費税の申告義務がない免税事業者にも大きな影響を及ぼす可能性があります。ところが、免税事業者の中には、「インボイス制度によって何が変わるのかわからない」「インボイス制度開始までにどのような対応をとれば良いのだろうか」と、戸惑う方も少なくないことでしょう。
本記事では、インボイス制度が免税事業者に与える影響や、インボイス制度導入後に免税事業者のままでいるケースと課税事業者になるケースのメリット・デメリットについて解説。併せて、免税事業者が課税事業者になるために必要な手続きなどについてもご紹介します。

そもそもインボイス制度とは？

インボイス制度は正式名称を「適格請求書等保存方式」といい、請求書などの交付や保存に関する新たな制度です。インボイス制度では、課税事業者が仕入税額控除を受けるためには、登録番号や適用税率、消費税額といった定められた項目が記載された適格請求書（インボイス）が必要になります。

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仕入税額控除とは、売上にかかった消費税額から仕入にかかった消費税額を差し引いて、実際に納付する消費税額を求める仕組みのことです。例えば、年間の売上額が2,200万円（うち消費税200万円）、仕入額が1,100万円（うち消費税100万円）の企業があったとしましょう。この場合、仕入税額控除が適用されると、売上にかかる消費税額200万円から仕入にかかる消費税額100万円を引き、差額の100万円を申告・納付することになります。

仕入税額控除が受けられない条件

インボイス制度では、課税事業者は仕入先からの適格請求書がないと、原則としてこの仕入税額控除を受けることができません。そして、適格請求書を交付できるのは、適格請求書発行事業者の登録を受けた課税事業者のみです。つまり、免税事業者は適格請求書発行事業者の登録ができず、適格請求書も交付できないということになります。

自身が免税事業者で、取引先が課税事業者だった場合、インボイス制度では取引先は仕入税額控除が受けられなくなります（実際には段階的な経過措置がありますが、経過措置については後述します）。

仕入税額控除が受けられないため、免税事業者との取引は打ち切られる可能性が

前述の例でいえば、仕入税額控除が適用されると100万円だった消費税の納税額が200万円になり、その分利益が減少します。そのため、課税事業者（買手側）は、仕入先の事業者（売手側）に適格請求書の交付を要請するでしょう。

ところが、仕入先の免税事業者は要請されても適格請求書を交付することができません。もし、取引先が仕入税額控除を重視するのであれば、他の課税事業者との取引に切り替える可能性があります。
インボイス制度が免税事業者に影響を与えるといわれているのが、まさにこの点です。課税事業者と取引のある免税事業者の多くは、インボイス制度導入後も免税事業者のままでいるか、適格請求書を交付できる課税事業者になるか、検討と選択を行う必要があるでしょう。

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適格請求書に記載すべき7項目とは

課税事業者が仕入税額控除を受けるために必要な適格請求書とは、どのようなものなのでしょうか。
適格請求書は、以前の請求書に比べて記載しなければならない項目が増えます。適格請求書に記載が必要な項目は、下記のとおりです。

適格請求書の例

消費税の免税事業者のままでいるメリット・デメリット

インボイス制度導入後も免税事業者のままでいると、どのような影響があるのでしょうか。メリットとデメリットに分けて考えてみましょう。

免税事業者のままでいるメリット

免税事業者のままでいれば、これまでと同様に消費税の納付が免除されます。消費税の確定申告を行う必要もありません。

免税事業者のままでいるデメリット

前述したとおり、インボイス制度導入後は、適格請求書がないと原則として仕入税額控除を受けることができません。そのため、取引先が課税事業者の場合、適格請求書を交付できない免税事業者は、取引金額の値下げを求められたり取引自体を打ち切られてしまったりする可能性があります（ただし、後述のとおり、インボイス制度導入後の一定期間について、免税事業者からの課税仕入であっても一定割合を仕入税額控除できる経過措置が設けられています）。

商品などを販売する相手が一般消費者である場合や、取引先が免税事業者である場合は、売手側が免税事業者であっても取引に影響はありません。なぜなら、一般消費者や免税事業者は仕入税額控除を行わないので、適格請求書がなくても問題ないからです。
また、買手側の取引先が課税事業者でも、簡易課税制度を選択して消費税の計算をしている場合は、適格請求書がなくても仕入税額控除が受けられるため、取引に影響はないでしょう。

• ※取引先が適格請求発行事業者ではないことを理由に、取引対価の引き下げや取引停止などを行うと独占禁止法などに違反する可能性があります。そのため、取引先の対応内容によっては、上記のデメリットが解消される場合があります。

免税事業者が消費税の課税事業者になるメリット・デメリット

免税事業者が課税事業者になり、適格請求書発行事業者の登録を受けた場合には、次のようなメリットとデメリットが考えられます。

課税事業者になるメリット

免税事業者から課税事業者になり、適格請求書を交付できるようになれば、課税事業者との取引が継続する可能性が高いでしょう。仕入先（売手側）からインボイスが交付されると、買手側は仕入税額控除が問題なく受けられます。ですから、インボイス制度が導入されたとしても、仕入先に値下げを求めたり取引自体を見直したりする必要がありません。場合によっては、適格請求書発行事業者になることで取引の拡大につながるかもしれません。

なお、インボイス制度がもたらす影響は甚大で広範囲に及ぶので、インボイス制度への移行の影響を緩和するためにさまざまな緩和措置がとられています。ここでは、「2割特例」と「課税仕入れについての控除経過措置」について紹介します。

3年間、元免税事業者の納税額を軽減する「2割特例」

免税事業者から課税事業者となり、適格請求書発行事業者になった事業者は、インボイス制度開始から3年間（2023年10月1日～2026年9月30日を含む課税期間）、消費税の納税額を売上税額の20%とすることができます。

例えば、飲食店業（見込み仕入率60％）で年間売上額が800万円（消費税分80万円）、仕入額が200万円（消費税分20万円）の場合、通常であれば納める消費税額と、2割特例を適用したときの消費税額は、下記のとおりです。

課税仕入れについての控除経過措置

インボイス制度では、免税事業者や消費者などの適格請求書発行事業者以外からの仕入れにかかる消費税額の控除が受けられなくなります。この変更点について多くの事業者に影響が出ると予想されるため、インボイス制度開始から6年間は、適格請求書発行事業者以外からの仕入れでも一定の割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています。

また、この経過措置期間中に免税事業者が適格請求書発行事業者の登録申請を行う場合は、消費税課税事業者選択届出書を提出する必要はありません。適格請求書発行事業者の登録が完了と同時に、課税事業者および適格請求書発行事業者になることができます。

経過措置期間と仕入税額控除の割合は、下記のとおりです。

この経過措置期間中に、免税事業者は課税事業者へ転換すべきか否かを検討することもできます。

なお、仕入税額控除の適用を受けるには、免税事業者などから受け取る区分記載請求書と同じ内容が記載された請求書と、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿を保存する必要がある点には注意しましょう。

課税事業者になるデメリット

課税事業者になると、それまで納付を免除されていた消費税を納めなければならなくなります。そのため、消費税額を計算して確定申告をする手間や、納税の負担が発生します。また、以前の請求書に一定の記載項目が追加された適格請求書を作成して、取引先に交付しなければなりません。インボイス制度に対応した請求書発行システムの導入なども検討する必要があるでしょう。
なお、前述したとおり、販売先が一般消費者などの場合はインボイス制度による影響はありません。取引先の状況なども見極めた上で、課税事業者になるかどうかを決めると良いでしょう。

消費税の免税事業者が課税事業者になるために必要な手続き

免税事業者がインボイス制度に対応するには、課税事業者となるための「消費税課税事業者選択届出書」と、適格請求書発行事業者となるための「登録申請書」を、納税地を所轄する税務署長に提出する必要があります。ただし、2023年10月1日から2029年9月30日まで日の属する課税期間中に登録事業者として登録を受ける場合、免税事業者は、消費税課税事業者選択届出書を提出する必要はなく、登録申請書のみで課税事業者となる経過措置が設けられています。

提出方法は、書面またはe-Taxの2通りです。インボイス制度はすでに開始されていますので、速やかに対応するためにもなるべく早く登録申請をするようにしてください。

インボイス制度の登録申請から登録番号発行までの期間

• e-Taxの場合：約1か月
• 書面申請の場合：約1.5か月

• ※2023年12月現在

登録申請書の記載漏れや記載ミスなどがあった場合は、登録番号が発行されるまでに、上記よりもさらに時間がかかってしまうため、記載ミスなどには十分な注意が必要です。

適格請求書発行事業者の登録申請についてはこちらの記事で解説していますので、参考にしてください。

• インボイス制度の登録申請の方法は？期限や手順と併せて解説

適格請求書発行事業者の登録申請書の提出

適格請求書発行事業者の登録を受けるには、適格請求書発行事業者の登録申請書を記入し、納税地を所轄する税務署に提出します。たとえ課税事業者であっても、税務署から適格請求書発行事業者の登録を受けなければインボイスの交付はできないので注意しましょう。

適格請求書発行事業者の登録申請書（国内事業者用）

• ※国税庁「［手続名］適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用） 」

消費税課税事業者選択届出書の提出

消費税課税事業者選択届出書は、免税事業者が自らの意志で課税事業者になるときに提出する書類です。基本的には、適用を受けようとする課税期間の初日の前日（事業年度の最終日）までに、納税地を所轄する税務署長に提出します。

ただし、インボイス制度導入に伴い、2029年9月30日までは、前述したとおり適格請求書発行事業者の登録申請書を提出した場合、消費税課税事業者選択届出書を提出しなくても自動的に課税事業者になります。

なお、免税事業者から課税事業者に切り替えるには、消費税課税事業者選択届出書を提出して、自ら課税事業者になる場合か、あるいは基準期間または特定期間の課税売上高が1,000万円を超えて消費税の申告義務が発生する場合になります。なお、課税売上高に代えて、特定期間中に支払った給与等の金額により判定することもできますので、特定期間の課税売上高が1,000万円を超えていても、給与等支払額が1,000万円を超えていなければ、給与等支払額により免税事業者と判定することができます。

ちなみに、基準期間とは前々年の事業年度（個人事業主は前々年の1月1日～12月31日）、特定期間とは前年の事業年度開始の日以後6か月間（個人事業主は前年の1月1日～6月30日）を指します。
この場合は、消費税課税事業者届出書（基準期間用または特定期間用）を所轄の税務署長に速やかに提出し、課税事業者になる手続きを行わなくてはなりません。自ら課税事業者になる場合とは提出書類が異なるので注意が必要です。

消費税課税事業者選択届出書

• ※国税庁「［手続名］消費税課税事業者選択届出手続 」

簡易課税方式を選択すれば、納税の事務作業負担が軽減できる

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者は、消費税の計算において「簡易課税方式」を選択することができます。簡易課税方式とは、課税売上高にかかる消費税額に業種ごとに定められた「みなし仕入率」を掛け、その金額を仕入などにかかった消費税額としみなして計算する方法です。売上にかかる消費税額を基礎として仕入にかかる消費税額を算出することができるので、納税にかかる事務作業を軽減できるというメリットがあります。

この簡易課税方式を選択するためには、原則として、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに消費税簡易課税制度選択届出書を税務署に提出する必要があります。
ただし、2023年10月1日から2029年9月30日までに適格請求書発行事業者の登録を受けて免税事業者から課税事業者になった場合は、その課税期間から簡易課税制度の適用を受ける旨を記載した消費税簡易課税制度選択届出書を提出すれば、課税期間の開始と同時に簡易課税制度を適用することができます。

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この記事の監修辻・本郷 税理士法人

国内最大規模の税理士法人。専門分野に特化した総合力を活かし、一般企業の税務顧問をはじめ、医療法人、公益法人、海外法人など多種多様なお客様へサービスを提供。開業支援から事業承継、相続・贈与対策、オーナー向けの資産承継など、法人・個人問わずお客様のニーズに柔軟かつ的確に応えるべく、幅広いコンサルティングを行っている。

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この記事の監修辻・本郷 ITコンサルティング

国内最大級の税理士法人である辻・本郷 税理士法人のグループ会社として2014年に創業。実践した数多くのDX化ノウハウをグループ内外に展開。バックオフィスに課題を抱える組織のコンサルティングから導入までをワンストップで行う。電子帳簿保存法やインボイス制度対応等、最新のコンサルティング事例にも精通。「無数の選択肢から、より良い決断に導く」をミッションとし、情報が多すぎる現代において、お客様にとっての「より良い」を見つけるパートナーを目指す。