請求書の金額は相殺できますか?

相殺は可能です
ひとつの取引先に対し売掛金と買掛金が発生している場合、基本的には「相殺する」という意思表示をすることで相殺処理が可能です。
しかし、お互いに確認・理解しているからといって相殺しましたで終わりにしてはダメです。
相殺をするにはどうするか
請求書等に相殺の内容を記入し、取引先にも相殺の事実が明らかになるようにしておきましょう。
また相殺処理を証明するために「相殺領収書」を発行しても良いでしょう。
この「相殺領収書」は実際には金銭の授受がありませんので、印紙税法上の領収書ではありませんから、どんな金額であっても印紙を貼る必要はありません。
適切な処理をしておくことで、「あれ、入金がない!」「これ、支払った?」など、後日発生するであろう取引先とのやりとりもスンナリと解決します。