インボイス制度で納税免除期間はどうなる？2割特例・3割特例も解説
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適格請求書（インボイス）発行事業者に登録するとこれまで適用されていた消費税の納税免除期間は終了し、課税事業者となります。
免税事業者からの登録だけでなく、起業したてで消費税の判定基準期間がない場合、免除期間はどうなるのか疑問をもっている方は多いのではないでしょうか。
さらに、令和8年度税制改正により、これまで負担軽減策の中心だった2割特例は2026年9月30日までの日の属する課税期間で終了し、個人事業主のみが利用できる3割特例が新たに設けられました。法人には後継となる特例がないため、これまでとは対応が変わります。
ここではインボイス制度が納税免除期間に与える影響や、適格請求書発行事業者に登録するべき基準、改正後に利用できる負担軽減策などについて解説します。
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インボイス制度とは？
インボイス制度とは消費税の取り扱いに関する制度で、2023年10月1日から開始されました。消費税の課税対象となる取引において、
売手側の適格請求書の交付と保存によって、原則的に買手側は仕入税額控除を受けられます。
インボイス制度では、適格請求書発行事業者（インボイス登録者）は、買手側から求められたら、適格請求書（インボイス）の交付・保存が義務付けられています。
適格請求書を発行できるのは、適格請求書発行事業者への登録申請書を提出して、納税地を管轄する税務署長から適格請求書発行事業者として登録された事業者のみです。
仕入税額控除とは売上にかかる消費税から仕入れにかかる消費税を控除して、二重課税を回避できるしくみです。
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インボイス制度によって2年間の納税免除期間がなくなる？
適格請求書発行事業者に登録した場合は、登録日から課税事業者になるため、免除期間はなくなります。
新規に開業した個人事業主や資本金1,000万円未満の新規設立法人は、基準期間がありません。そのため、原則として個人事業開始による開業や法人設立では、2年間は消費税納税義務が免除されます。基準期間とは個人事業主の場合その年の前々年、事業年度が1年である法人の場合は、その事業年度の前々事業年度です。
インボイス制度は消費税の免除期間にどのように影響するのでしょうか。適格請求書発行事業者に登録しない場合と登録する場合に分けて解説します。
適格請求書発行事業者に登録しない
免税事業者が適格請求書発行事業者に登録しなければ、消費税の納税義務の免除期間を継続できます。登録は任意であり、取引先から求められても、応じる義務はありません。
消費税の納税義務の免除が適用されるのは、課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者です。また課税売上高1,000万円以下であっても、特定期間の課税売上高が1,000万円（もしくは支払い給与等が1,000万円）を超えた場合には課税事業者となります。
なお、課税売上高とは、消費税の課税対象となる取引の売上高を指します。
また、特定期間とは個人事業主の場合、その年の前年の1月1日から6月30日までの期間を指し、法人の場合は原則として、対象事業年度の前事業年度開始の日以後6か月の期間です。
適格請求書発行事業者に登録する：消費税の納税義務が発生
適格請求書発行事業者に登録すると免税事業者も課税事業者となり、消費税の納税義務が発生します。
開業したてや開業2年以内の個人事業主や資本金1,000万円未満の新規設立法人であっても納税義務が発生します。
免税事業者が適格請求書発行事業者に登録するには、原則として「消費税課税事業者選択届出書」を提出し、課税事業者となる必要があります。ただし、2023年10月1日から2029年9月30日までの日の属する課税期間中に登録を受ける場合は、経過措置により、この届出書を提出しなくても、「適格請求書発行事業者の登録申請書」に記載した登録希望日から課税事業者となり、その登録希望日が登録日となります。
また、この経過措置を利用して適格請求書発行事業者の登録を受けた場合、原則として、登録日から2年を経過する日の属する課税期間までは、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であっても免税事業者になることはできません。
免税事業者は、消費税によるコストや申告関連業務の増加が懸念されますので、負担軽減のための特例制度や補助金の活用を検討してみてください。
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免除期間をなくしてでも登録するべき？
免税期間をなくしてでも、適格請求書発行事業者に登録するか否かは大きくは
「買手側が企業（事業者）中心か」「経過措置の期間を利用するか」の２つを軸に判断するとよいでしょう。
適格請求書発行事業者に登録した事業者は、消費税の免除期間であっても消費税の納税義務が発生します。本章では免除期間が残っている事業者に対して、適格請求書発行事業者に登録する際の基準について解説します。
上記の2つの基準について、詳しく解説します。
買手側が企業中心の場合は登録すべきか検討する
買手側が企業（事業者）の場合は、免除期間をなくしてでも適格請求書発行事業者への登録を検討した方がよいでしょう。
インボイス制度では、売手側が交付した適格請求書がなければ、買手側は原則的に仕入税額控除を利用できません。仕入税額控除を受けられなければ消費税の負担が増加してしまうため、買手側としては免税事業者ではなく、適格請求書発行事業者に登録した事業者との取引を優先する可能性があります。
そのため、販売相手（買手側）に事業者が多い免税事業者は、インボイス登録によって消費税の免除期間がなくなっても、取引継続や新規開拓がしやすくなるという側面があります。
その一方で、インボイス登録をしない場合は、取引の継続や新規開拓が難しくなる可能性が考えられます。消費税の納税義務が発生するデメリットだけを見るのではなく、取引の継続や新規開拓がしやすくなる点も考慮して検討しましょう。
なお、売手側が適格請求書発行事業者ではないことを理由に、買手側が取引対価の引き下げや取引停止などを行うと独占禁止法などに違反する可能性があります。
販売相手（買手側）の対応内容によっては、上記のデメリットが解消される場合があります。販売相手とコミュニケーションを取ったうえで、どうすべきか検討するようにしましょう。
経過措置の期間中に判断するという選択肢もある
インボイス制度の経過措置の期間を利用して、適格請求書発行事業者の登録をいったん見送ることも可能です。インボイス制度開始から一定期間は、インボイスを発行できない免税事業者からの課税仕入れでも、仕入税額相当額の一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています。
買手側は、免税事業者との取引であっても、経過措置により仕入税額相当額の一定割合を控除できます。そのため、経過措置の適用期間中は、免税事業者であることによる取引上の不利は限定的です。経過措置が認められる期間と控除割合は以下のとおりです。
| 期間 | 割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日から2026年9月30日まで | 仕入税額相当額の80% |
| 2026年10月1日から2029年9月30日まで | 仕入税額相当額の70％ |
| 2028年10月1日から2030年9月30日まで | 仕入税額相当額の50％ |
| 2030年10月1日から2031年9月30日まで | 仕入税額相当額の30％ |
| 2031年10月1日以降 | 控除不可 |
令和8年度税制改正により、この経過措置は適用期限が2031年（令和13年）9月30日まで2年間延長されるとともに、控除割合の引き下げも段階的になりました。
改正前は80％から50％へ一段階で引き下げられ、2029年（令和11年）9月30日で終了する予定でしたが、改正後は70％、50％、30％と段階的に引き下げられます。そのため、買手にとって、免税事業者との取引を継続することによる負担の増え方が緩やかになります。免税事業者にとっても、取引先への影響を踏まえながら登録の必要性を検討できる期間が長くなったといえます。
適格請求書発行事業者への登録申請は、経過措置の適用期間中でもできます。取引先の反応や自社の負担を見ながら、登録の時期を判断することもできます。
免税事業者からの仕入れに係る経過措置を適用するためには、買手側は、免税事業者等から受領した区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等を保存するとともに、帳簿には通常の記載事項に加え、「80％控除」または「7・5・3割控除」の適用を受ける課税仕入れである旨を記載して保存する必要があります。
なお、適格請求書発行事業者以外の1事業者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年またはその事業年度で1億円（改正前：10億円）を超える場合、超えた部分についてはこの経過措置を適用できません。この見直しは、2026年（令和8年）10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。
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インボイス制度による負担を軽減できる制度・特例
インボイス登録によるコストや業務負担を軽減する制度として、「2割特例」「3割特例（個人事業主のみ）」「簡易課税制度」「小規模事業者持続化補助金」「IT導入補助金」が利用できます。
適格請求書発行事業者に登録すると、免除期間が残っている事業者でも消費税納税義務が発生するため、コスト増加が懸念されます。またインボイス制度に対応した会計ソフトを導入したり、人員を増やしたりすると、さらに負担が大きくなるでしょう。
ここではそうした消費税や業務のコスト増加に対して、負担軽減に利用できる特例や制度、補助金を紹介します。
-
- 2割特例
- 3割特例（個人事業主のみ）
- 簡易課税への円滑な移行措置
- 小規模事業者持続化補助金
- IT導入補助金
2割特例
2割特例はインボイス制度を機に課税事業者となった事業者が対象の特例制度です。納付する消費税額を売上にかかる消費税額の2割に抑えられる負担軽減措置です。
2割特例は2023年10月1日から2026年9月30日までの日の属する各課税期間に適用できます。
消費税の一般課税（原則課税）では、売上にかかる消費税から仕入にかかる消費税を差し引いて納税額を計算します。しかし、2割特例では仕入にかかる消費税の差し引き計算を行わず、売上にかかる消費税額の2割を消費税額とみなして、計算できるため、事務負担が軽減されるという制度です。
例えば、下図のように同じ課税売上高700万円の事業者でも、本則課税か簡易課税か2割特例かで税負担は異なります。
【サービス業の場合の納付する消費税額の違いの例（２割特例）】
個人事業主と法人で2割特例を適用できる申告回数や期間の計算方法が異なるため、自社の課税期間を確認してください。
2割特例は、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える事業者や、資本金1,000万円以上の新設法人は対象外です。
例えば、免税事業者である個人事業主が2023年10月1日から登録を受ける場合、2023年分（10月から12月分）の申告から2026年分（その年の12月まで）の申告まで、計4回の申告が適用対象範囲です。
3月決算の法人で、2023年10月1日から登録を受ける場合は、2023年10月から2024年3月の申告から、2026年期（2026年4月1日〜2027年3月31日）の申告までの計4回の申告が適用対象範囲とされます。
2割特例を利用するための特別な届出は不要です。消費税の確定申告書に2割特例の適用を受ける旨を追記すれば利用できます。
なお、2割特例では売上税額の80％を仕入税額とみなして控除するため、簡易課税制度でみなし仕入率が90％となる第1種事業（卸売業）に該当する場合は、簡易課税制度を選択したほうが納税額を抑えられます。事業区分や仕入れの状況によって有利・不利が変わるため、申告前に2割特例と簡易課税制度の両方で納税額を試算しておくとよいでしょう。
また、2割特例の適用期間中に基準期間の課税売上高が１,000万円を超えて、消費税の課税事業者になる要件を満たす場合などは、2割特例が適用できません。
また、2割特例は2026年9月30日までの日の属する課税期間で終了します。その後、個人事業主については次に説明する3割特例が用意されていますが、法人には後継となる特例がありません。法人は原則課税または簡易課税制度で申告することになります。
3割特例
3割特例は、2割特例の終了に伴い、令和8年度税制改正で新設された経過措置です。納付する消費税額を売上にかかる消費税額の3割に軽減できる個人事業主限定の特例です。
対象は個人事業主に限られ、法人は利用できません。
インボイス制度の開始を機に免税事業者から適格請求書発行事業者の登録により課税事業者となった個人事業主は、2027年（令和9年）分と2028年（令和10年）分について、納付する消費税額を売上税額の3割にすることができます。
【サービス業の場合の納付する消費税額の違いの例（3割特例）】
適用の主な要件は、次のとおりです。
-
- 個人事業主であること（法人は対象外）
- 適格請求書発行事業者の登録を受けていること
- 基準期間（適用を受ける年の2年前。2027年分なら2025年、2028年分なら2026年）の課税売上高が1,000万円以下であること
ただし、これらを満たす場合でも、インボイス発行事業者の登録と関係なく課税事業者となる課税期間については、3割特例を適用できません。
2割特例と同様に、事前の届出は不要です。ただし、消費税の確定申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記する必要があります。
なお、2割特例と比べて納税額は増えます。事業区分によっては、3割特例よりも簡易課税制度のほうが納税額を抑えられる場合があります。例えば、卸売業（第1種事業）のみなし仕入率は90％、小売業（第2種事業）は80％であるため、いずれも3割特例の70％を上回ります。
そのため、卸売業や小売業では、簡易課税制度を選択したほうが有利になる可能性があります。事業区分や仕入れの状況によって有利・不利が変わるため、3割特例と簡易課税制度の両方で納税額を試算しておくとよいでしょう。
簡易課税制度とは？
簡易課税制度とは事業の種類の区分（事業区分）に応じて定められたみなし仕入率を、売上にかかる消費税額に乗じて仕入にかかる消費税額を算出できる制度です。
簡易課税制度を利用すると、消費税の納税額の算出方法が簡便になることで事務負担が軽減されます。また、納税額を抑えられる可能性があります。
一般課税（原則課税）の仕入税額控除では、売上にかかる消費税額から仕入にかかる消費税額を差し引きして納税額を計算します。しかし簡易課税制度では、下表のみなし仕入率を使って計算し、仕入にかかる消費税額として売上にかかる消費税額から控除できます。
| 事業区分 | みなし仕入率 |
|---|---|
| 第1種事業：卸売業 | 90% |
| 第2種事業：小売業、農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に関わる事業に限る） | 80% |
| 第3種事業：農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に関わる事業を除く）、鉱業、建設業、製造業、電気業、ガス業、熱供給業および水道業 | 70% |
| 第4種事業：第1種事業、第2種事業、第3種事業、第5種事業および第6種事業以外の事業 | 60% |
| 第5種事業：運輸通信業、金融業および保険業、サービス業（飲食店業に該当するものを除く） | 50% |
| 第6種事業：不動産業 | 40% |
参考：国税庁「No.6509 簡易課税制度の事業区分
」
みなし仕入率は事業区分によって大きく異なるため、すべての事業者が消費税を節税できるわけではありません。例えば、輸出が多い取引を行っていたり、多額の設備投資をした場合など、通常の仕入税額控除を受けた方が節税できる場合もあります。事業区分や自事業の取り引きパターンや経営状況などを加味して、簡易課税制度の利用を検討しましょう。
判断に悩む場合は、税理士などの専門家に相談することをおすすめします。
なお、簡易課税制度は2割特例・3割特例と併用できず、どちらか一方を選択する必要があります。2割特例とは異なり簡易課税制度には期間が設けられていないため、2026年9月30日までは2割特例を利用して、それ以降は簡易課税制度を利用するといった方法も考えられるでしょう。
簡易課税への円滑な移行措置
令和8年度税制改正により、簡易課税の届出書の提出期限が見直されました。2割特例または3割特例の適用を受けた翌課税期間から簡易課税制度の適用を受けようとする場合、その課税期間の申告期限までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出すれば、適用を受けることができます。
2割特例・3割特例が使えなくなると、一般課税か簡易課税制度のいずれかで申告することになります。特例が終わる時期は個人事業主と法人で異なるため、簡易課税制度へ移ることができるタイミングも違ってきます。
個人事業主は、2028年分まで3割特例を利用できるため、2029年分から簡易課税制度への移行を検討することになります。一方、法人には2割特例の終了後、後継となる特例がありません。3月決算法人であれば2027年3月期で2割特例が終わり、翌期の2028年3月期から簡易課税制度を利用するかどうかを判断する必要があります。
簡易課税制度の適用を受けるには、原則として、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しなければなりません。個人事業主であれば、2029年分から適用を受けるために、本来は2028年12月31日までに届出書を提出しておく必要があります。
しかし、令和8年度税制改正により、届出書の提出期限が見直されたことにより、3割特例を受けていた個人事業主であれば、2029年分の申告期限である2030年4月1日までに提出すればよいということになります。
課税期間が終了した後に、一般課税と簡易課税の納付税額を比較したうえで判断できるようになりました。
小規模事業者持続化補助金
小規模事業者持続化補助金とは、条件を満たした事業者に対して販路拡大や生産性向上を支援する補助金制度です。通常枠に「インボイス特例」があります。インボイス特例の要件を満たす場合は、補助上限額に50万円を上乗せされます。
小規模事業者持続化補助金は多くのルールがあり、また審査に通過しなければ補助金を受け取れません。小規模事業者持続化補助金に関して詳しくは、以下を参照ください。
IT導入補助金
IT導入補助金では、インボイス制度に伴う会計ソフトやパソコンなどの導入にかかる費用負担を軽減できます。IT導入補助金とは中小企業や小規模事業者に対して、業務効率化やDXなどのITツールの導入を支援する補助金です。会計ソフトや受発注ソフト、パソコンやタブレットなどのハードウェアが補助金の対象とされています。
IT導入補助金を使って弥生製品を利用する方法は、こちらのサイトで紹介しています。
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よくあるご質問
インボイス発行事業者に登録しないと、免税事業者のままでいられますか？
インボイス発行事業者に登録しなければ、消費税の納税義務が免除される期間を継続し、免税事業者のままでいられます。登録は任意であり、取引先（買手側）から求められても応じる義務はありません。
新規に開業した個人事業主や新設法人は、基準期間の課税売上高がない、または基準期間そのものがないため、原則として1期目と2期目は免税事業者となります。これが「開業から2年間は消費税が免除される」と言われる理由です。ただし、特定期間の判定に該当した場合や、資本金1,000万円以上の法人を設立した場合は、この限りではありません。
詳しくはこちらを参考にしてください。
2割特例が終了した後は、3割特例を利用できますか？
インボイスを機に適格請求書発行事業者になった個人事業主は、2027年分と2028年分の消費税の確定申告で3割特例を利用できます。一方、法人は3割特例の対象外です。
なお、個人事業主が利用できる3割特例は、納付する消費税額を、売上にかかる消費税額の税額の3割にできる特例です（基準期間が1,000万円超など課税事業者になる要件を満たす場合を除く）。
特例期間が終了した後は、一般課税（原則課税）か簡易課税制度のいずれかで申告することになります。なお、令和8年度税制改正により、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間から簡易課税制度を利用する場合は、その課税期間の申告期限までに「消費税簡易課税制度選択届出書」提出すれば、簡易課税を選択できる特例があります。
詳しくはこちらを参考にしてください。
2割特例・3割特例の終了後は、いつから簡易課税制度に移行できますか？
特例が使えなくなる課税期間から、簡易課税制度に移行できます。個人事業主は3割特例が終わる2029年分から、3月決算の法人は2割特例が終わる2028年3月期からが目安です。
簡易課税制度の適用を受けるには、原則として、適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しなければなりません。しかし令和8年度税制改正により、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間から簡易課税制度を利用する場合は、その課税期間の申告期限までに提出すればよいこととされました。
個人事業主が2029年分から簡易課税制度を利用する場合であれば、2030年4月1日までの提出で適用を受けられます。課税期間が終了した後に、一般課税と簡易課税の納付税額を比較したうえで判断できます。
詳しくはこちらを参考にしてください。
免税事業者から仕入れた場合の経過措置はいつまで利用できますか？
令和8年度税制改正により、経過措置の適用期限は2031年（令和13年）9月30日まで延長されました。
控除割合は仕入税額相当額の80％、70％、50％、30％と段階的に引き下げられます。買手側の負担増加のペースが緩やかになったため、取引先の反応や自社の状況を見ながら登録の時期を判断できます。
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