インボイス制度は医療機関の予防接種や健康診断にどう影響する？

2023/12/26更新

医療機関はインボイス制度に登録する必要があるのか、悩んでいる方もいるのではないでしょうか。一般消費者への診療は、原則としてインボイス制度の影響を受けません。しかし、事業者（買手側）や仕入れ先（売手側）との取引は、インボイス制度の影響を受ける可能性があります。ここではインボイス制度導入による医療機関への影響について、具体例を交えて解説します。

インボイス制度とは？

インボイス（適格請求書、以下インボイスで統一）とは、一定の記載要件を満たした請求書や領収書などを指します。現行の区分記載請求書等保存方式に基づく請求書や領収書に追記が必要な情報は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の登録番号
• 税率ごとに区分した合計額および適用税率（税抜もしくは税込）
• 税率ごとに合計した消費税額等

インボイス制度導入の目的は、事業者が行う取引における消費税率と消費税額を正しく計算することです。商品やサービスを提供する事業者（売手側）は、インボイス制度のしくみや影響についてよく理解したうえで、どのように対応するか検討しなければなりません。

インボイス制度の基本的なしくみについて、こちらの記事で解説しています。

インボイス制度とは？対象者や目的、対応方法をわかりやすく簡単に図解で解説

インボイス制度は2023年（令和5年）10月1日から導入されました。2023年11月時点において登録完了の通知を受け取れるまでにかかる期間の目安は、以下のとおりです。

• e-Taxによる提出：約1か月
• 書面による提出：約1か月

• ※国税庁「適格請求書発行事業者の登録件数及び登録通知時期の目安について」

インボイス制度の開始にあわせて知っておきたい消費税の知識について、こちらの記事で解説しています。

個人事業主の消費税、いつから払う？納税義務と免除要件、税額の計算方法

免税事業者と課税事業者の違い

免税事業者と課税事業者の違いは以下のとおりです。

基準期間・特定期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者は「免税事業者」です。一方、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える事業者は「課税事業者」となります。課税事業者は消費税の確定申告と納税が必要となるため、金銭的なコストや事務作業の負担が増加します。

医療機関はインボイス制度への対応が必要かわかりやすく解説

インボイス制度導入の目的は、事業者が行う取引における消費税率と消費税額を正しく把握することです。医療機関を含め、あらゆる業種の事業者はインボイス制度の影響を理解しておく必要があります。登録は任意であり、未登録でも事業を継続できます。取引先（買手側）との契約条件や課税事業者になるメリット・デメリットを比較して、対応について検討しましょう。

インボイス制度導入は医療機関にどのような影響がある？

インボイス制度の導入で医療機関が受ける影響は、主に以下の3つです。

• インボイスを発行するなら適格請求書発行事業者への登録が必要
• 免税事業者の医療機関（売手側）と取引すると事業者（買手側）は仕入税額控除ができない
• 開業したばかりの医療機関でも適格請求書発行事業者は納税義務が発生

それぞれ順番に解説します。

インボイス制度導入に関するシステムの変更点については、こちらの記事で解説しています。

インボイス制度に対応したシステムとは？導入・改修のポイントを解説

インボイスを発行するなら適格請求書発行事業者への登録が必要

インボイスを発行できるのは「適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者」のみとされています。インボイス制度に対応する事業者は、適格請求書発行事業者への登録が必要です。適格請求書発行事業者の登録を受けるためには、所定の方法で登録申請書を提出します。

適格請求書発行事業者への登録方法は、こちらの記事で詳しく解説しています。

適格請求書発行事業者とは？登録方法と申請書の提出先、期限について解説

免税事業者の医療機関（売手側）と取引すると事業者（買手側）は仕入税額控除ができない

免税事業者の医療機関（売手側）と取引すると、事業者（買手側）は仕入税額控除の適用を受けられず納税額が増加します。免税事業者のままでも事業は継続できるものの、取引先（買手側）から取引条件の見直しを求められる可能性があります。なお買手側の立場を利用した取引条件の変更は、独占禁止法に違反する可能性があります。政府や関係機関は、法令違反にあたる条件変更を持ちかけないよう、買手側にアナウンスしています。

開業したばかりの医療機関でも適格請求書発行事業者は納税義務が発生

以下の条件を満たす事業者は、原則として設立1期目の消費税が免除されます。

• 資本金1,000万円未満で新規の法人設立
• 資本金1,000万円未満で個人事業主から法人化

しかし、インボイスを発行するためには適格請求書発行事業者の登録を受ける必要があります。新規の法人設立や個人事業主からの法人化と同時に登録すると、資本金にかかわらず設立1期目から消費税の納税義務が生じます。納税による事業資金への影響について、事前にシミュレーションしておくことが重要です。

インボイス制度導入による医療機関が発行する診断書や領収書の変更点

インボイス制度導入に関して、診断書の記載内容や書式への影響はありません。一方、領収書がインボイスの要件を満たすためには、記載内容の変更が必要です。インボイスの要件となる記載事項は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者（売手側）の氏名または名称
• 登録番号
• 取引した年月日
• 取引の内容
• 税率ごとに区分して合計した金額および適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額など
• 書類の発行を受ける事業者（買手側）の氏名または名称

既存のレシート（区分記載請求書）の記載事項だけでは適格請求書の要件を満たしていません。インボイス制度に対応したレシートを発行するためには、レジの買い替えや改修が必要です。

医療機関の仕事別にインボイス制度導入の影響を解説

医療機関には、以下のような仕事例が想定されます。

• 病院にて個人の患者さんを診察し医療費（診療報酬）を受領している場合
• 医療機関での健康診断・予防接種を担当している場合
• 仕入れ先（売手側）から薬や医薬品を購入し請求書を受領している場合

仕事ごとにインボイス制度導入による影響を解説します。

病院にて個人の患者さんを診察し医療費（診療報酬）を受領している場合

事業者が行う取引に該当しないため、一般消費者の患者から受け取る診察代はインボイス制度の影響を受けません。

医療機関での健康診断・予防接種を担当している場合

一般消費者の患者に提供する健康診断や予防接種は、インボイス制度の影響を受けません。

ただし、事業者（買手側）から集団の健康診断や予防接種を依頼される医療機関（売手側）は、注意が必要です。事業者（買手側）は納税額の増加を避けるため、健康診断や予防接種の依頼先を、免税事業者から適格請求書発行事業者の医療機関（売手側）に変更する可能性があります。免税事業者のまま事業を継続する場合は、消費税分の値引きを条件に事業者（買手側）と価格交渉するのもひとつの選択肢です。患者のうち事業者の利用がどれくらいあるか理解しておきましょう。

仕入れ先（売手側）から薬や医薬品を購入し請求書を受領している場合

仕入れ先（売手側）から薬や医薬品を購入するケースでは、以下のように診療の目的によって影響が異なります。

自由診療に必要な医薬品や医療機器の仕入れ先（売手側）が免税事業者の場合、医療機関（買手側）は仕入税額控除の適用を受けられず納税額が増えます。インボイス制度導入後は、仕入れ先（売手側）が適格請求書発行事業者か、取引前に確認が必要です。

一方、保険診療は非課税取引に分類され、インボイス制度導入前から医療機関（売手側）は、仕入税額控除の適用を受けられません（原則課税・個別対応方式の場合）。仕入れ先（売手側）が課税事業者・免税事業者のどちらであっても、保険診療のみを扱う医療機関であれば影響はないと考えられます。

インボイス制度導入に関する医療機関の注意点

インボイス制度導入において医療機関が注意するべきポイントは、以下の3点です。

• 課税事業者になると消費税の納税が必要
• 適格請求書発行事業者未登録だと顧客（買手側）から取引条件の見直しを求められる可能性あり
• 事務作業の煩雑化

それぞれ順番に解説します。

課税事業者になると消費税の納税が必要

インボイスを発行できるのは「適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者」です。免税事業者にはインボイスの発行が認められていません。インボイス登録のために課税事業者になると、消費税の納税義務が発生します。インボイス制度導入前と比較すると消費税分の収入が減るため、事業資金への影響をあらかじめ把握しておきましょう。

インボイス対応で免税事業者が取るべき対策については、こちらの記事で解説しています。

インボイス制度、免税事業者はどうすべき？仕入税額控除と経過措置について

適格請求書発行事業者未登録だと顧客（買手側）から取引条件の見直しを求められる可能性あり

事業者（買手側）が社員向けに実施する予防接種や健康診断では、医療機関（売手側）はインボイスの発行を求められます。適格請求書発行事業者未登録の医療機関（売手側）と取引すると、原則として事業者（買手側）は仕入税額控除の適用を受けられないからです。免税事業者の事業者（売手側）は、適格請求書発行事業者に登録している医療機関に顧客（買手側）が流れる可能性があります。免税事業者の医療機関（売手側）は消費税分の値引きをアピールして、事業者（買手側）と交渉することが選択肢として考えられるでしょう。

事務作業の煩雑化

インボイス制度に対応すると事務作業が煩雑になり、関係部署の負担が増加します。事務作業への具体的な影響の例は、以下のとおりです。

• 帳簿の作成方法の変更
• 消費税の確定申告
• 受け取った請求書のインボイス対応チェック
• 領収書やレシートの書式変更
• 会計ソフトやレジのシステム変更

医療機関は事務作業の変更点を理解し、取るべき対応策を検討する必要があります。

医療機関がインボイス制度に対応する際によくある質問

インボイス制度の対象外となる医療行為はある？

保険診療はインボイス制度の対象外となる医療行為です。公的保険を利用した医療は、消費税法において非課税取引とされるからです。

医療機関に適用されるインボイス制度の特例措置はある？

インボイス制度には「2割特例」と呼ばれる特例制度が設けられています。免税事業者から適格請求書発行事業者になった場合の税負担や事務負担を軽減するため、消費税の納税額を売上税額の2割にできます。2割特例は期間限定の制度であり、2023年（令和5年）10月1日から2026年（令和8年）9月30日までの日の属する課税期間が対象です。

参考：国税庁「２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」

収入が1,000万円以下の医療機関でもインボイス登録は必要？

課税売上高1,000万円以下の場合は原則として消費税が免除されるため、本来であれば消費税の納付義務はありません。しかし、インボイス登録は事業者（買手側）との取引条件がどのように変わるかを踏まえて判断する必要があります。

医療機関はインボイス制度導入による影響をしっかりと理解しよう

事業者（買手側）から健康診断や予防接種を受注している医療機関（売手側）は、インボイス制度の影響を受けます。医療機関は売手側として、事業者（買手側）からどのような対応を求められるか注意しましょう。適格請求書発行事業者に登録するメリット・デメリットを比較して、インボイス対応の方向性を検討してみてください。

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