社会保険料控除とは？計算方法や注意点をわかりやすく解説
監修者： 高崎 文秀（税理士）
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給与計算業務では、従業員ごとに異なる社会保険料を正しく算出し、適切に控除しなくてはなりません。また、年末調整において、生計を一にする配偶者や扶養親族の社会保険料を従業員本人が支払った場合には、その保険料も控除の対象となります。給与計算担当者は、実務でのミスを防ぐためにも制度を正確に理解しておくことが大切です。
本記事では、控除が適用される社会保険料の種類をはじめ、社会保険料の計算方法や控除の注意点をわかりやすく解説します。
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社会保険料控除とは
社会保険とは、定められた保険料の納付により、病気・ケガ・労働災害の発生時や退職後などに、医療費の給付や生活費の保障が受けられる公的な制度です。一般的に「社会保険」とは健康保険、厚生年金保険、介護保険の3種類を指し、これらに労災保険と雇用保険を合わせたものが、広義の社会保険です。
| 広義の社会保険 | 狭義の社会保険 | 健康保険 |
|---|---|---|
| 厚生年金保険 | ||
| 介護保険 | ||
| 雇用保険 | ||
| 労災保険 | ||
社会保険料控除の対象となるのは、健康保険料、厚生年金保険料、介護保険料、雇用保険料、国民年金保険料、国民健康保険料などです。ただし、労災保険料は会社が全額負担するため社会保険料控除の対象外となります。
社会保険料控除とは、社会保険料を支払った際に受けられる所得控除です。社会保険料控除を適用すると課税所得が減少し、所得税額が軽減されます。年末調整の結果、源泉徴収した金額が納税すべき金額を上回った場合、過払い分が還付金として従業員に支払われます。
社会保険については、こちらの記事で詳しく紹介しています。
控除可能な金額に上限がない
社会保険料控除には、所得控除の控除限度額の定めがありません。年末の時点で支払い済みの社会保険料は、すべて所得から控除できます。過去に滞納していた社会保険料をまとめて支払った場合には、納付した年の所得から全額を控除できます。
国民年金保険料を次年度以降分まで前納した場合は、支払った年に全額を控除する方法と、対応する各年に分けて控除する方法のいずれかを選択できます。なお、年末調整では当該年に支払った金額のみが控除の対象となり、各年に分けて控除する場合は確定申告で対応します。
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参照：日本年金機構「Q.13月以上の前納により納付した保険料の社会保険料控除はどのように申告するのですか。
」
配偶者や扶養親族の保険料を負担した場合も控除を受けられる
従業員が、生計を一にする配偶者や扶養親族の国民年金保険料や国民年金基金の掛金を支払っている場合、その支払額も、社会保険料控除の対象となります。
会社側で把握できるのは、給与から天引きしている従業員本人の社会保険料のみです。配偶者や扶養親族の保険料控除を適用するには、年末調整の際に、従業員から正確な支払額の申告を受けましょう。
年末調整での国民年金保険料控除については、こちらの記事をご覧ください。
社会保険料控除証明書は電子的交付が受けられる
従来、社会保険料の控除証明書はハガキなどの紙で交付されていました。しかし、紙の控除証明書は、紛失や破棄のリスクがあり、再発行に手間がかかる点がデメリットです。
現在は、マイナポータルの「お知らせ」機能を通じて、社会保険料控除証明書の電子データを受け取れます。この電子データは、そのまま年末調整や確定申告の手続きに使用できます。
年末調整業務の効率化を推進するなら、こうした電子データの活用も検討しましょう。電子化により、従業員はマイナポータルで取得した電子データをそのまま手続きに使用でき、会社側も書類の保管コスト削減や手続き期間の短縮といったメリットを享受できます。
なお、2025年（令和7年）12月時点では電子化は義務ではなく、従来通り書面による手続きもできます。
年末調整の電子化について、詳しくはこちらの記事で解説しています。
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社会保険料を計算する前に知っておきたい標準報酬月額
社会保険料は、従業員の給与額をそのまま用いて計算するわけではありません。実務にあたっては、標準報酬月額のしくみを理解しておきましょう。
標準報酬月額とは、社会保険料の計算を簡略化するために、1か月分の報酬を一定額ごとに等級で分けたものです。個々の従業員の社会保険料を算出するには、この標準報酬月額を把握することが求められます。
標準報酬月額の対象となる報酬には、基本給のほか、通勤手当や残業手当などの各種手当も含まれます。また、前年7月1日から当年6月30日までの1年間に4回以上支給される賞与についても、標準報酬月額の算定基礎となる報酬に含まれます。
標準報酬月額は、原則として毎年1回「定時決定」により見直されます。具体的には、毎年4月から6月の3か月間に支払われた報酬の平均額を、保険料額表の等級区分に当てはめて決定するしくみです。なお、標準報酬月額の等級設定は各保険制度で異なり、健康保険は全50等級、厚生年金保険は全32等級に分けられています。
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所得控除が適用される社会保険料の種類と計算方法
社会保険料控除の対象となる保険料には、厚生年金保険料や国民年金保険料、国民年金基金の掛金などがあります。また、生計を一にする配偶者や扶養親族の国民年金保険料を従業員が支払った場合も控除の対象となります。以下では、社会保険料の種類とそれぞれの計算方法を紹介します。
厚生年金保険料
厚生年金保険とは、会社に雇用される従業員や公務員が加入する公的年金制度です。将来の老齢年金に加え、障害年金、遺族年金などの給付を目的としています。
日本の公的年金制度は「2階建て」の構造です。1階部分はすべての国民が加入する国民年金で、2階部分は会社員や公務員が加入する厚生年金です。厚生年金の加入者は国民年金にも同時に加入している扱いとなるため、厚生年金保険料を納めることで、国民年金保険料も納付したことになります。
定額制の国民年金保険料とは異なり、厚生年金保険料は報酬が高い人ほど保険料も高くなるしくみです。保険料を多く納めた分、将来受け取れる年金額も手厚くなります。
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参照：日本年金機構「厚生年金保険料額表」
厚生年金保険料について、詳しくはこちらの記事で解説しています。
厚生年金保険料の計算方法
厚生年金保険料は、「月々の保険料」と「賞与時の保険料」に分けて算出します。
月々の保険料は、標準報酬月額に厚生年金保険料率18.3%を掛けて計算します。一方で、賞与時の保険料は、標準賞与額（税引き前の賞与額から千円未満の端数を切り捨てた額／上限1回150万円）に同率を掛けて計算します。なお、厚生年金保険料率は2017年（平成29年）9月に18.3％で固定され、以降変更されていません。
厚生年金保険料は会社と従業員が半分ずつ負担する「労使折半」で、社会保険料控除の対象となるのは従業員本人が負担した分のみです。
国民年金保険料
国民年金は、日本国内に居住している満20歳以上満60歳未満のすべての人に加入義務がある公的年金制度です。自営業者やフリーランスなど、厚生年金に加入せず国民年金のみに加入している場合は、確定申告で支払った国民年金保険料を申告することで、全額を所得控除（社会保険料控除）として差し引くことができます。
また、会社においては、年度の途中で入社した従業員が入社前に国民年金保険料を支払っていた場合や、生計を一にする配偶者や扶養親族の国民年金保険料を支払った従業員も、年末調整の際に申告を行うことで、控除を受けられます。
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参照：日本年金機構「国民年金保険料」
国民年金保険料の計算方法
国民年金保険料は全ての加入者で一律の金額となっているため、従業員や会社による個別の計算は不要です。保険料の額は物価などを反映して毎年見直されており、2026年度（令和8年度）は月額17,920円です。また、保険料は前納（まとめ払い）すると、期間に応じた割引が適用されます。
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参照：厚生労働省「令和８年度の年金額改定についてお知らせします」
国民年金基金
国民年金基金は、厚生年金保険に加入できない個人事業主などが、将来受け取る国民年金に上乗せするために任意で加入する公的な個人年金制度です。国民年金基金への加入には、以下のいずれかの要件を満たさなくてはなりません。
20歳以上60歳未満の自営業者やフリーランスなどの国民年金の第1号被保険者、日本国内に住所を有する60歳以上65歳未満の国民年金の任意加入被保険者及び海外居住者であって国民年金の任意加入被保険者
- 引用：厚生労働省「国民年金基金制度
会社員や公務員は国民年金基金の対象外となります。また、農業者年金の加入者は国民年金基金制度に加入できません。
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参照：国民年金基金「掛金について」
国民年金基金の計算方法
国民年金基金の掛金は、選択した給付の型、加入時の年齢、性別、加入口数によって決まるしくみです。掛金の上限は月額68,000円で、この範囲内であればライフプランに合わせて自由に給付の型と口数を選択できます。ただし、個人型確定拠出年金（iDeCo）にも加入している場合は、両方の掛金を合わせて月額68,000円が上限となります。
支払った掛金は、全額が社会保険料控除の対象となります。従業員が、生計を一にする配偶者や扶養親族のために掛金を負担している場合には、その掛金を支払った本人の社会保険料控除として、年末調整で申告できます。
健康保険料
健康保険には、会社員などが加入する「被用者保険」と、個人事業主などが加入する「国民健康保険」の2種類があります。
健康保険の運営主体は、会社が組合を作って自主運営する健康保険組合と、主に中小企業で構成する全国健康保険協会（協会けんぽ）の2つに大別されます。
また、従業員が生計を一にする配偶者や扶養親族の国民健康保険料を支払っている場合、その支払額も年末調整の際に控除が受けられます。対象の従業員には、国民健康保険料の支払額を申告してもらうよう案内しましょう。
健康保険料の計算方法
健康保険料は、標準報酬月額に各組織で定められた健康保険料率を掛けて算出します。独自の健康保険組合を持つ会社は、健康保険料率を独自に設定できます。協会けんぽに加入している会社の場合は、都道府県ごとに健康保険料率が定められています。
運営主体にかかわらず、保険料は会社と従業員で折半するため、給与から天引きされる従業員負担額は、算出された健康保険料総額の半分となります。
介護保険料
介護保険は、介護サービスの費用負担を社会全体で支え合うための制度です。介護保険制度では、40歳以上65歳未満の被保険者は、健康保険料に介護保険料を加えた金額が徴収されます。徴収が開始されるタイミングは、「40歳の誕生日の前日」が属する月の給与計算期間からとなる点に注意しましょう。
被用者保険（健康保険）の被扶養者については個別に介護保険料は発生しません。そのため、年末調整時に扶養親族に関する介護保険料の調査や申告は不要です。
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参照：全国健康保険協会「協会けんぽの介護保険料率について」
介護保険料の計算方法
介護保険料は、会社員の場合は標準報酬月額または標準賞与額（税引き前の賞与額から千円未満の端数を切り捨てた額）に、介護保険料率を掛けて算出します。
介護保険料率は加入している健康保険組合によって異なりますが、協会けんぽの場合、2026年（令和8年）3月分からの介護保険料率は一律1.62%です。
運営主体にかかわらず、介護保険料も健康保険料と同様に労使折半となるため、算出された金額の半分が従業員の負担額となります。
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参照：全国健康保険協会「2026（令和8）年度政府予算案を踏まえた収支見込みについて（概要）」
介護保険料の計算方法は、こちらの記事で詳しく説明しています。
労働保険料
労働保険とは、一般的に労働者が加入する「労災保険」と「雇用保険」の2つを指します。
労災保険は、業務中や通勤中に病気・ケガ・障害を負った場合、あるいは死亡した場合に、従業員やその家族を保障する制度です。労災保険料は全額を会社が負担するため、社会保険料控除の対象外にはなりません。
なお、会社役員や個人事業主は、原則として労災保険に加入できません。ただし、一定の要件を満たし特別加入が認められた事業主が支払う労災保険料については、事業所得の必要経費として計上できます。
雇用保険は、労働者の雇用や暮らしの安定を目的とした保険です。失業時の基本手当（失業給付）のほか、育児・介護による休業時や職業訓練の受講時などに各種給付金が支給されます。
労働保険料の計算方法
労災保険は、短期労働者を含むすべての労働者が対象です。一方、雇用保険は31日以上の雇用見込みがあることなどが加入条件となります。
労災保険料は全額会社負担で、業種によって保険料率が異なります。保険料率は、例えば林業なら1,000分の52、食料品製造業なら1,000分の5.5です。賃金総額に保険料率を掛けて算出します。
一方、雇用保険料は会社と従業員で負担割合が定められており、業種によって保険料率が異なります。2025年度（令和7年度）の雇用保険料率は以下のとおりです。
| 事業の種類 | 従業員負担 | 会社負担 |
|---|---|---|
| 一般の事業 | 5.5/1,000 | 9/1,000 |
| 農林水産・清酒製造 | 6.5/1,000 | 10/1,000 |
| 建設の事業 | 11/1,000 |
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参照：厚生労働省「令和７（2025）年度 雇用保険料率のご案内」
2026年度（令和8年度）の雇用保険料率は全体で0.1％の引き下げとなる見通しです。従業員負担、会社負担ともに0.05%ずつ減る可能性がありますため最新の料率を確認しましょう。
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参照：厚生労働省「職業安定分科会雇用保険部会（第208回） 財政運営について」p.3
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社会保険料の計算や控除における注意点
社会保険料の計算や控除の実務では、端数の扱いや最新の保険料率を正確に把握しておきましょう。年末調整業務では、従業員に対して修正や訂正の期限を周知しておくことも大切です。
社会保険料を計算した際の端数の扱いに注意する
給与計算において1円未満の端数が生じた場合、切り捨て・切り上げの基準は状況によって異なります。会社が日本年金機構などの保険者に納入する社会保険料は、全従業員の負担分と会社負担分を合算し、一円未満の端数を切り捨てて計算します。
一方で、個々の従業員の負担分および控除額は、徴収方法によって端数処理が異なります。
従業員の給与または賞与から天引きする場合には、従業員負担分の端数は50銭以下を切り捨て、50銭を超える場合は切り上げて計算してください。
社会保険料を従業員が現金で支払う場合には、50銭未満を切り捨て、50銭以上は切り上げます。なお、就業規則等により労使間で別段の取り決めがある場合は、その取り決めに従います。
これらのルールにより、納付総額から従業員負担分の合計を差し引いて算出される会社負担分は、必ずしも従業員負担分と同額（完全な折半）にならないケースがある点に注意しましょう。
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参照：日本年金機構「保険料の計算方法について」
最新の保険料率を確認する
社会保険料率は、制度ごとに定期的に見直されています。料率は一律に定められている場合もありますが、都道府県や業種ごとに異なるものもあるため、注意してください。年度初めなど保険料率が改定される時期には、計算前に最新の保険料率を確認しましょう。
4～6月の残業によって社会保険料が変わる
標準報酬月額は、毎年4～6月の報酬額をもとに定時決定を行い、原則としてその年の9月から翌年8月までの適用額が決まるしくみです。この計算に用いる報酬には残業手当も含まれており、この3か月間に残業が多いと標準報酬月額の等級が上がり、結果として9月以降の1年間に支払う社会保険料が高くなります。このしくみは従業員の手取り額に影響するため、あらかじめ従業員に説明し、理解を得ておきましょう。
標準報酬月額については、こちらで詳しく解説していますので、参考にしてください。
賞与からも社会保険料が控除される
2003年（平成15年）の「総報酬制」導入以降、賞与も社会保険料の徴収対象になりました。制度が変更されたのは、賞与の比率が高い会社と低い会社の間で生じていた保険料負担の不公平を解消し、年金・医療制度を安定させるためです。
賞与から所得税を源泉徴収する際は、賞与の支給額から社会保険料を差し引いたうえで、その残額に対して税額を計算します。年3回以下で支給される賞与が社会保険料の対象となります。支給回数は、前年7月1日から当年6月30日までの1年間で判定します。年4回以上支給される場合は賞与ではなく報酬の一部として扱われ、標準報酬月額の算定基礎に含まれます。
賞与から控除する社会保険料は、税引き前の賞与額から千円未満を切り捨てた「標準賞与額」に保険料率を掛けて計算します。厚生年金保険の標準賞与額は、支給1回当たり150万円が上限です。なお、健康保険については、年度累計で573万円が上限となっています。
賞与で控除される社会保険料については、こちらをご覧ください。
修正・訂正対応について周知しておく
年末調整で社会保険料控除を正しく適用するには、修正・訂正の対応を周知しておくことが求められます。
会社が修正・訂正できるのは、原則として翌年1月31日の法定調書提出期限までです。この期間内であれば、給与所得者の源泉徴収簿等を訂正し、源泉徴収票を再交付することで対応できます。なお、法定調書提出期限を過ぎても、会社が税務署への届出や源泉徴収票の再交付をすることで訂正は可能です。
また、期限後は従業員自らが確定申告を行って、不足分の税金を納めるか、過払い分の還付金を受け取ることもできますが、手続きが煩雑になります。
こうした事態を防ぐため、年末調整の際には、書類の提出期限および修正・訂正の期限を源泉徴収票の交付前に設定しておきましょう。従業員に対しては、申告漏れや誤りがあった場合には確定申告で自ら対応しなければならない旨を周知し、正確な申告を促すようにしてください。
ミスを防ぐ体制を整える
社会保険料の算出や控除額の計算ミスは、年末調整の結果まで影響を及ぼします。さらに、年末調整における計算ミスにより源泉徴収税額に過不足が生じ、適切な納付が行われなかった場合、会社（源泉徴収義務者）が延滞税や加算税の対象となる可能性があります。
従業員の書類の提出忘れや申告漏れを未然に防ぐために、制度の仕組みや重要性について、日頃から従業員の年末調整に対する理解を深めておきましょう。
また、実務においてはダブルチェックやトリプルチェックの体制を整えておくと、人的ミスの防止につながります。加えて、年末調整のミスの防止と作業効率に役立つ「年末調整ソフト」や「給与計算システム」の導入も効果的です。
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社会保険料控除に関するよくある質問
社会保険料控除に関するよくある質問をまとめました。従業員から問い合わせがあったときに対応できるよう、確認しておくと安心です。
従業員が家族の国民年金を納付したら控除はどうなる？
従業員が生計を一にする配偶者や親族の国民年金保険料を支払った場合、全額が社会保険料控除の対象となります。「生計を一にする」とは、必ずしも同居を要件とせず、生活費を共にしていることを意味します。同居している場合は原則として「生計を一にしている」に該当し、別居している場合も継続的に生活費や学資金などを送金していれば該当します。
なお、会社側では従業員が支払った配偶者や扶養親族の国民年金保険料は把握できません。そのため、年末調整の際に従業員から「社会保険料控除証明書」等の提出を受け、支払額を確認したうえで控除を適用してください。
従業員が年末調整で社会保険料控除の申告を忘れたら？
年末調整で従業員が社会保険料控除の申告を忘れた場合も、確定申告により控除を受けられ、過払いの税金があれば還付されます。申告忘れについて相談を受けたら、従業員に確定申告を行うよう促しましょう。
年末調整で使用する社会保険料控除申告書については、以下の記事で解説しています。
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社会保険料控除の計算には給与計算ソフトの導入がおすすめ
社会保険料や控除額は、従業員ごとに異なります。給与計算をする際は、個々の従業員のそれぞれの金額を正確に算出しましょう。
紙やエクセルを使った手作業では、転記ミスや計算ミスが起きやすく、法改正への対応も遅れやすくなります。ミスを防ぎ、業務を効率化するには、弥生の給与計算ソフト「弥生給与 Next」がおすすめです。「弥生給与 Next」は給与計算から年末調整まで一連の計算を自動化でき、アップデートにより最新の法令にも自動で対応します。自社に合ったツールを活用して、正確で効率的な給与計算を目指しましょう。
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※本記事は2026年1月14日時点の情報を基に制作しています。
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この記事の監修者高崎 文秀（税理士）
高崎文秀税理士事務所 代表税理士／株式会社マネーリンク 代表取締役
早稲田大学理工学部応用化学科卒
都内税理士事務所に税理士として勤務し、さまざまな規模の法人・個人のお客様を幅広く担当。2019年に独立開業し、現在は法人・個人事業者の税務顧問・節税サポート、個人の税務相談・サポート、企業買収支援、税務記事の監修など幅広く活動中。また通常の税理士業務の他、一般社団法人CSVOICE協会の認定経営支援責任者として、業績に悩む顧問先の経営改善を積極的に行っている。
