フリーランスなどの個人事業主でも年末調整は必要？要否とやり方を解説

監修者： 田中卓也（田中卓也税理士事務所）

2025/10/24更新

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個人事業主は、基本的に年末調整を行いません。その代わり、自分自身で確定申告をします。ただし、状況によっては、個人事業主でも年末調整が必要な場合があります。「個人事業主だから年末調整は不要」と思い込んでいると、トラブルにつながってしまうかもしれません。

では、どのような場合に個人事業主でも年末調整への対応が必要になるのでしょうか。個人事業主に年末調整が必要なケースや、年末調整のスケジュール、方法などについて解説します。

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年末調整とは、給与所得者の年間所得税額と源泉徴収税額との差額を調整する手続き

年末調整とは、給与所得者の1年間の所得を基に所得税額を計算し、毎月の給与などから源泉徴収した所得税額との差額を調整する手続きです。年末調整の対象になるのは企業などに雇用されて働いている給与所得者で、雇用主が中心になって手続きを行います。

一方、個人事業主は雇用されているわけではないため、基本的に年末調整の対象にはなりません。年間の所得額や所得税額を自分自身で計算して、税務署に申告します。この手続きが、確定申告です。

年末調整は、基本的には雇用主が従業員の1年間の所得税額を確定させるために対応する手続きで、確定申告は、個人事業主などが自ら1年間の所得と所得税額を税務署に申告する手続きといった違いがあります。

年末調整については以下の記事で詳しく解説していますので参考にしてください。

• 年末調整とは？確定申告との違いや受けられる控除、手続きなどを解説

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個人事業主でも年末調整が必要なケース

個人事業主でも、場合によっては年末調整に対応しなければなりません。個人事業主は「年末調整をしてもらう側」と「年末調整をする側」の、どちらにもなる可能性があるからです。

以下のいずれかに該当する場合は、対応漏れがないようしてください。

個人事業主本人に給与所得がある場合

個人事業主が、すきま時間にアルバイトなどで給与所得を得ている場合などは、給与が源泉徴収されていれば、原則として従業員として年末調整を受けなければなりません。

会社員など雇用されていた人が、独立開業して個人事業主になった場合も、給与所得があります。会社員をしながら、継続的な事業を副業で行っている場合も、給与所得と事業所得を得ているケースもあるでしょう。

なお、個人事業主が事業によって得た所得を「事業所得」、会社員など雇用されて働く人の給与による所得を「給与所得」と呼びます。事業所得について年末調整は不要ですが、給与所得は、原則として年末調整の対象です。

また、年末調整が必要な個人事業主は、基本的に年末調整への対応に加えて、確定申告も必要です。ただし、給与所得以外に事業の売上から経費を引いた金額（＝事業所得）が20万円以下の個人事業主は、確定申告をしないことも選択できます。その場合は、年末調整を受けることで、その年分の税務手続きが完了することになります。

年末調整を受けていて事業所得が20万円を超える個人事業主や、20万円以下でも確定申告を行う個人事業主は、年末調整済みの給与所得について確定申告でも改めて申告が必要です。

なお、事業で利益が出ている場合、所得が20万円以下でも住民税の申告は必要になります。また、青色申告をする個人事業主の場合、青色申告特別控除を適用したり、赤字の繰り越しをするために確定申告を行うことをおすすめします。

個人事業主として従業員を雇用している場合

従業員を雇用している個人事業主は、従業員の年末調整を行わなければなりません。この場合は、個人事業主本人の年末調整ではなく、従業員の年末調整を行います。年末調整の手順や必要書類、手続き方法を理解したうえで、期日までに対応しましょう。

なお、配偶者や親族を雇用して、青色事業専従者として給与を支払っている場合も、親族以外の従業員を雇用している場合と同様に年末調整が必要です。

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個人事業主が雇用主として年末調整を行う場合のスケジュール

個人事業主が雇用主として年末調整を行う場合は、11月ごろから計画的に手続きを進めなければなりません。年末調整の大まかなスケジュールは以下のとおりです。

年末調整のスケジュール

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年末調整の必要書類

年末調整をする際は、従業員に配布して必要事項を記入してもらった申告書と、控除証明書を受け取る必要があります。それぞれ、以下のような書類を従業員に提出してもらいましょう。

申告書

申告書は、従業員が利用する所得控除を申告するための書類で、以下の4種類があります。

このうち、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」「基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼給与所得者の特定親族特別控除申告書兼所得金額調整控除申告書」「給与所得者の保険料控除申告書」の3種類は、事業主が書式を用意して従業員に配布し、記入してもらいます。書式は税務署で配布しているほか、郵送してもらったり、国税庁のWebサイトからダウンロードすることもできます。また、従業員が記入した申告書を紙ではなくデータで受け取る方法もあります。

一方、「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書」は、2年目以降の住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を利用する従業員のみが提出します。この申告書は、本人の自宅に所轄の税務署から届くため、事業者が用意する必要はありません。

なお、2025年に新設された「特定親族特別控除」は、2025年分の所得に対する所得税や住民税から新たに導入された所得控除制度です。年末調整で適用をすることになるため、適切に対応しましょう。用紙は、「基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼給与所得者の特定親族特別控除申告書兼所得金額調整控除申告書」を使用します。

控除証明書

年末調整では、各種控除を利用するために必要な証明書も、従業員に提出してもらいます。必要な証明書は利用する控除の内容によって異なります。例えば、生命保険料控除を利用するのであれば、「生命保険料控除証明書」の提出が必要です。雇用主は、添付された控除証明書と申告書の内容を照らし合わせ、申告内容が正しいか確認します。

控除証明書は、従業員の自宅に郵送されてきます。秋ごろになったら、保険会社などからの郵便物を未開封のまま廃棄するようなことがないよう、注意喚起しましょう。

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個人事業主の年末調整のやり方

年末調整は、紙の申告書を使う方法と、電子的に手続きを行う2つの方法があります。それぞれ、以下のような特徴がありますが、どちらの方法で申告しても問題はありません。

紙の申告書を使う方法

年末調整は、税務署などで紙の申告書を手に入れ、従業員に配布して回収する方法で対応できます。この方法のメリットは、電子的な手続きに慣れていない人でも対応しやすい点です。一方で、申告内容を手書きしたり、控除額を計算したりしなければならないため、従業員が記入する際に手間がかかり、計算間違いが生じるおそれもあります。

電子的に手続きをする方法

年末調整は、国税庁のソフトか市販の年末調整ソフトのどちらかを使用して、電子的に手続きをすることも可能です。国税庁のソフトは無料ですが、市販の年末調整ソフトは一般的に給与計算ソフトと連携できるため、後者の方が手間はかからない傾向があります。

国税庁のソフトを使用する場合は、従業員が控除証明書の電子データを取得するとともに、国税庁のWebサイトから、年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）をダウンロードしなければなりません。従業員がデータを作成して、データ形式で雇用主に提出し、雇用主がそのデータを給与計算ソフトなどに取り込むことで年末調整を行います。

導入に手間がかかりますが、慣れれば年末調整の計算などが不要になるため、ミスの軽減や効率化につながります。国税庁の年調ソフトについて詳しく知りたい場合は、国税庁のWebページ「年末調整手続の電子化に向けた取組について」をご確認ください。

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個人事業主でも従業員を雇っている場合は、年末調整を行おう

個人事業主でも、従業員を雇っているのであれば年末調整を行わなければいけません。年末調整では、従業員からの書類回収やチェック、所得税額の計算、源泉徴収票の作成などの業務が発生します。さらに、年末調整には期限があるため、全体の流れを把握したうえで、計画的に業務を進めることが重要です。

年末調整にかかる業務を効率化するには、給与計算ソフトの導入がおすすめです。弥生のクラウド給与計算ソフト「弥生給与 Next」は給与計算業務に必要な機能を網羅し、給料計算・賞与計算、社会保険、年末調整に必要な計算業務を自動化できるうえ、給与支払報告書の電子提出にも対応しています。給与計算ソフトを活用して、年末調整業務を効率良く進めましょう。

さらに、個人事業主は従業員の年末調整だけでなく、自分の確定申告も行わなければいけません。年末年始から年度末にかけて慌てることがないように、いつ、何をすべきか確認しておくことが大切です。

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この記事の監修者田中卓也（田中卓也税理士事務所）

税理士、CFP®
1964年東京都生まれ。中央大学商学部卒。
東京都内の税理士事務所にて13年半の勤務を経て独立・開業。
従来の記帳代行・税務相談・税務申告といった分野のみならず、事業計画の作成・サポートなどの経営相談、よくわかるキャッシュフロー表の立て方、資金繰りの管理、保険の見直し、相続・次号継承対策など、多岐に渡って経営者や個人事業主のサポートに努める。一生活者の視点にたった講演活動や講師、執筆活動にも携わる。